[发明专利]一种结直肠癌生物标志物

说明书

本发明公开了一种结直肠癌生物标志物，具体的涉及结肠癌生物标志物LOC105375434及其共表达基因。目前结直肠癌基因检测多针对治疗方案，早期诊断研究不足，1ncRNAs在肿瘤组织中的表达具有组织和种属特异性，是很好的肿瘤生物标志物，发明人基于高通量测序技术发现了与结直肠癌密切相关的LOC105375434，为结直肠癌的早期检测提供新的候选生物标志物，具有潜在的临床应用价值。

技术领域

本发明属于癌症分子诊断领域，具体涉及与结直肠癌相关的生物标志物及其在制备结肠癌诊断试剂中的应用，更具体的涉及LOC105375434及其共表达基因在制备结肠癌诊断试剂中的应用。

背景技术

结直肠癌(colorectal，CRC)是最常见的恶性肿瘤之一，肠镜是结直肠癌筛查的金标准，但是该方法由于费用较高、病人痛苦大，且可发生结肠穿孔等并发症，目前还不能作为结直肠癌普查筛选工具，而更适用于初步筛选后的进一步检查。《2015NCCN指南》提出：所有的大肠癌患者都应该询问家族史，疑似遗传性大肠癌患者应当进行相应遗传学检测，做到早发现早预防，早诊断早治疗。通过基因检测技术筛查结直肠癌高危人群，从而预测患癌风险，做到及早干预和预防，节省治疗时间和成本；其次，针对结直肠癌患者可通过基因检测技术挖掘致病原因，从而提供针对性治疗方案以及预测其他患癌风险。

目前结直肠癌最常见的基因检测有RAS检测：发现转移灶的病人，进行肿瘤组织K-ras和N-ras第2，3，4外显子检测，RAS基因突变提示肿瘤对靶向表皮生长因子受体抗体无治疗反应；此外还有BRAF检测：RAS基因野生型患者应行BRAF检测，存在突变者提示预后不良。但是目前结直肠癌基因检测多针对治疗方案，早期诊断研究不足，虽然已经报道部分与结直肠癌相关基因miR-1183、miR-938、miR-490-3p、miR-490-5p、miR-592、miR-193b(ZL201510204297.8)、SHROOM4(ZL 2016100689102)等等，不过这些基因还远远不能满足结直肠癌的临床分子诊断，仍有大量标志物基因亟待发掘。

研究发现，长链非编码RNA(long non-coding RNAs，IncRNAs)与肿瘤的发生发展具有重要关系，肿瘤组织中的1ncRNAs表达往往异常，且具有组织和种属特异性，1ncRNAs是一种很好的肿瘤生物标志物，用于肿瘤的早期筛查。发明人对结直肠患者的癌组织和癌旁组织进行转录组测序分析，寻找差异表达明显的1ncRNAs及其共表达基因，发现了LOC105375434及其共表达基因。本发明为结直肠癌的早期检测提供新的生物标志物，具有潜在的临床应用价值。

发明内容

本发明的目的在于提供一种与结直肠癌相关的长链非编码RNALOC105375434，序列与SEQ ID NO.1具有90％以上序列同源性。优选的，LOC105375434序列与SEQ ID NO.1具有95％以上序列同源性；更优选的，长链非编码RNA序列为SEQ ID NO.1。

本发明的目的在于提供检测LOC105375434基因表达水平的试剂在制备结直肠癌诊断工具中的应用。

进一步，试剂采用测序技术、核酸杂交技术或核酸扩增技术检测LOC105375434的表达水平。

测序技术主要为第二代测序技术(主要包括Roche 454焦磷酸测序、IlluminaSolexa测序和ABI SOLID测序)和第三代测序技术(主要包括单分子荧光测序和纳米孔测序)。

进一步，核酸扩增技术选自聚合酶链式反应(PCR)、逆转录聚合酶链式反应(RT-PCR)、转录介导的扩增(TMA)、连接酶链式反应(LCR)、链置换扩增(SDA)和基于核酸序列的扩增(NASBA)。其中，PCR需要在扩增前将RNA逆转录成DNA(RT-PCR)，TMA和NASBA直接扩增RNA。

进一步，采用第二代测序技术、第三代测序技术、探针杂交技术、基因芯片技术或荧光定量PCR技术检测LOC105375434的表达水平。