[发明专利]一种新型翻译组Ribosome-seq建库方法在审
申请号: | 201910175893.6 | 申请日: | 2019-03-08 |
公开(公告)号: | CN109929911A | 公开(公告)日: | 2019-06-25 |
发明(设计)人: | 夏昊强;周煌凯;高川;张羽;陶勇;罗玥;曾川川 | 申请(专利权)人: | 广州基迪奥生物科技有限公司 |
主分类号: | C12Q1/6806 | 分类号: | C12Q1/6806;C40B50/06 |
代理公司: | 广州三环专利商标代理有限公司 44202 | 代理人: | 颜希文;宋静娜 |
地址: | 510000 广东省广州市广州国*** | 国省代码: | 广东;44 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 建库 去除 分子排阻色谱法 核糖体结合 磷酸化反应 测序文库 准确检测 翻译 磷酸化 构建 精细 研究 | ||
1.一种新型翻译组Ribosome-seq建库方法,包括如下步骤:
步骤S1,利用分子排阻色谱法对待测样品进行RPF的分离和提取,获得RNA样品;
步骤S2,对RNA样品去除RNA样品中的rRNA;
步骤S3,对去除rRNA后的RNA样品进行5’磷酸化反应;
步骤S4,利用磷酸化后的RNA样品构建RNA测序文库。
2.如权利要求1所述的一种新型翻译组Ribosome-seq建库方法,其特征在于:于:所述待测样品来源于植物、动物或微生物;和/或,所述待测样品为组织、细胞、组织裂解物或细胞裂解物。
3.如权利要求2所述的一种新型翻译组Ribosome-seq建库方法,其特征在于:于:于步骤S1之前,还包括对检测样本经细胞固定、细胞清洗、细胞收集以及细胞裂解得到细胞裂解物的步骤,所述待测样品为细胞裂解物。
4.如权利要求3所述的一种新型翻译组Ribosome-seq建库方法,其特征在于:于:于步骤S1中,于待测样品加入核糖核酸酶I和脱氧核糖核酸酶I,室温混匀孵育,然后加入SUPERase*In RNase inhibitor,终止消化反应;接着进行分离纯化RPF;最后提取RNA,并进行质检。
5.如权利要求4所述的一种新型翻译组Ribosome-seq建库方法,其特征在于,所述分离纯化RPF的步骤采用MicroSpin S-400Column层析柱进行分离纯化RPF。
6.如权利要求4所述的一种新型翻译组Ribosome-seq建库方法,其特征在于:所述提取RNA,并进行质检的步骤利用microRNA提取试剂盒,提取RNA,并利用核酸定量仪器检测RNA的浓度和质量,琼脂糖凝胶电泳检测RNA条带。
7.如权利要求6所述的一种新型翻译组Ribosome-seq建库方法,其特征在于:RPF的浓度应≥20ng/μl,总量应≥200ng,满足建库条件;若浓度在10-20ng/μl,总量在100-200ng,可尝试风险建库;若浓度低于10ng/μl,总量低于100ng,不建议往下建库。
8.如权利要求4所述的一种新型翻译组Ribosome-seq建库方法,其特征在于,步骤S2进一步包括:
S2.1,于Nuclease free微量离心管中,利用nuclease-free水将RNA样品稀释,冰上放置备用,并将RNA样品与探针杂交,用移液器轻轻吹打混匀,并转瞬离心将样品收集至管底,将样品置于PCR仪中进行反应,瞬时离心将样品收集至管底,并置于冰上;
S2.2,取一支干净的PCR管,往里加入上一步产物,RNase H Reaction buffer、RNase H以及DEPC处理水,轻轻吹打混匀,将其置于PCR仪中,37℃作用30分钟,转瞬离心将样品收集至管底,并置于冰上,接着加入DNase I消化探针,37℃作用30分钟,接着用RNA CleanBeads纯化RNA。
9.如权利要求8所述的一种新型翻译组Ribosome-seq建库方法,其特征在于,步骤S3进一步包括:
S3.1,配置反应体系;
S3.2,将上述配制好的反应体系放置在PCR仪中,37℃作用30分钟;
S3.3,利用RNA Clean Beads纯化RNA。
10.如权利要求9所述的一种新型翻译组Ribosome-seq建库方法,其特征在于:于步骤S4中,依次进行3’SR Adapter连接反应,并对过量的3’SR Adapter进行封闭处理,然后5’SRAdapter连接反应,反转录,PCR扩增,磁珠法纯化扩增产物,6%PAGE切胶回收进行片段筛选与回收,文库定量及进行质检。
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