[发明专利]一种基于MassARRAY质谱平台的乳腺癌的BRCA基因突变检测方法

说明书

本发明涉及基因检测领域，具体涉及一种基于MassARRAY质谱平台的乳腺癌的BRCA1及BRCA2基因突变检测。本发明根据已有文献报道筛选出67个中国人群中高频出现的乳腺癌BRCA1及BRCA2基因突变位位，根据突变位位设计适用于MassARRAY质谱检测的PCR扩增引物及延伸引物，同时将这些位位进行组组，组组为3组扩增引物和3组对应的延伸引物组，利用MassARRAY质谱技术进行检测，相比于TaqMan荧光定量及一代测序方法，该方法具有检测通量高、特异性高和灵敏度高等特位，相比于二代测序方法，该方法具有设计灵活，周期短，成本低等特位。并且，有助于进行大范围推广，为健康人群乳腺癌筛查预防及乳腺癌患者个体化诊断提供参考。

技术领域

本发明属基因检测领域，具体涉及一种基于MassARRAY质谱平台的乳腺癌的BRCA1及BRCA2基因突变检测方法。

背景技术

乳腺癌是女性最常见的恶性肿瘤，其发病具有年轻化，家族聚集，遗传易感等特征。而BRCA基因是已经证实并进行了广泛深入研究的乳腺癌遗传易感基因。乳腺癌BRCA基因是抑制恶性肿瘤发生的基因，在调节人体细胞的复制、遗传物质DNA损伤修复、细胞的正常生长方面有重要作用。拥有BRCA基因突变的人群倾向于具有高乳腺癌发生率。研究表明BRCA基因突变携带者年龄到70岁时乳腺癌的累积患病风险约分别为37.9％和36.5％，患病风险高于正常人约10倍。所以检测乳腺癌高危人群中BRCA基因突变状况有利于进行早期预防和干预。

研究表明在不同的国家、区域与种族之间存在较大的差异性。随着分子生物学技术的发展，许多西方国家已制定了适合其本国BRCA基因突变检测的人群标准及数据库，如美国国立综合癌症网络指南(NCCN)：BIC(The Breast Cancer Information Core)数据库收录了约1768个明确的BRCA1致病突变位点及1994个明确的BRCA2致病突变位点，但我国尚未建立相应数据库，这也严重影响了我国针对乳腺癌的早期预防和干预工作的开展。

近年来国内已经有大量的关于中国人群乳腺癌BRCA基因突变的研究，也发现很多中国人特有的基因突变位点，还有些在中国人群反复出现的高频突变位点，这些都是不同于西方人群的突变特征，筛选出这些高频及特征位点进行检测，并结合适当的检测方法，可以大大提高BRCA基因检测效率。

目前一些常用的BRCA基因突变位点的检测技术，如单构象多态性分析(SSCP)、限制性片段多态性分析(PCR-RFLP)、TaqMan荧光定量技术、直接DNA测序技术等存在通量低、工作量大、速度慢等缺点，随着新一代高通量二代测序技术的发展，其在全基因组及全外显子研究中被广泛应用，但通过全基因组或者全外显子测序检测BRCA1及BRCA2基因突变情况，存在成本高、工作量大、周期较长等缺点，不利于检测的推广。

发明内容

本发明的目的在于克服前述问题而提供一种检测通量高、特异性高、灵敏度高、周期短和成本低的基于MassARRAY质谱平台的乳腺癌的BRCA1及BRCA2基因突变检测方法。

为了实现上述发明目的，本发明的一种基于MassARRAY质谱平台的乳腺癌的BRCA基因突变检测方法，包括以下步骤：

(1)筛选出67个中国人群常见乳腺癌BRCA基因突变位点；

(2)设计步骤(1)的基因突变位点的PCR引物和延伸引物；

(3)将步骤(2)中的PCR引物分为3组，各组中所含的基因突变位点的上下游引物混合，得到对应的3组PCR扩增引物混合液；

(4)对应于步骤(3)中PCR引物分组的方式，将步骤(2)中的延伸引物分为3组，分别得到3组单碱基延伸引物混合液；

(5)以待测样本DNA为模板，利用步骤(3)中的每组PCR扩增引物混合液分别进行PCR扩增，获得目标位点的PCR产物；