[发明专利]一种我国土生鸡种伴性连锁芦花鸡基因型的鉴定方法

说明书

本发明公开了一个我国土生鸡种伴性芦花表型相关的相互连锁的SNP位点组合，所述SNP位点包括SNP1、SNP2和SNP3，其中SNP1为CDKN2A基因启动子区域、转录起始位点上游267bp处，SNP2为CDKN2A基因内含子1的380bp处，SNP3为CDKN2A基因外显子1的170bp处。本发明首次发现我国土生鸡种的3个与性连锁芦花鸡表型相关的SNP位点，并以此建立了检测性连锁芦花鸡表型及其基因型的方法，方法操作简单、准确性高、重复性好、省时，可相互检验，达到100％准确率，可用于培育自别雌雄的配套系，利用羽色自别雌雄，准确率高、操作简便，且能节约时间和成本，有很好的应用价值，值得大力推广。

技术领域

本发明涉及家禽的分子育种技术领域，更具体地，涉及一种我国土生鸡种伴性连锁芦花鸡基因型的鉴定方法。

背景技术

羽色作为鸡育种中的一项重要选择指标，不仅拥有一定的观赏价值，还拥有一定的经济效益。家禽的羽色种类繁多，通过生物化学和组织学分析将其分为二种：一种是有色羽，一种是无色(白色)羽，且各种有色羽的差别仅在于所含黑色素的不同，以及受黑色素迁移和分布的影响。进一步研究发现羽色产生的根源是色素源基因CC和氧化酶基因OO相互作用的结果，黑色是色素原氧化反应的最终产物，红、黄、蓝等则为色素原氧化反应的中间产物；而无色羽出现的原因之一是缺乏色素原基因CC或氧化酶基因OO。大量的研究发现，鸡的羽色由众多基因控制，因此对羽色的选择成为了育种工作者的一项难题。

芦花鸡由其全身羽毛呈黑白相间、宽窄一致的斑纹状而得名。鸡的芦花(也叫横斑)表型，主要包括性染色体上的芦花表型和常染色体上的芦花表型。Crawford(1990)提出性染色体上的芦花是伴随着色素沉着的完全缺失，由单基因控制；而常染色体上的芦花产生深色和明亮的色素沉着交替的不规则的条纹，它是由两个基因座位Db和Pg联合作用而导致。Spollman于1908年首次报道了性连锁的横斑表型，横斑等位基因标记为B*B，野生型标记为B*N。Cock(1964)发现鸡的性连锁横斑表型为不完全显性遗传，具有剂量效应，B基因纯合个体白色横纹宽度大于杂合子个体及半合子个体。Bitgood(1988)通过连锁作图把B等位基因定位在Z染色体的长臂末端。2009年，Dorshorst和Ashwell把它定位在染色体长臂末端的355kb的范围内。

国外对于其当地鸡种影响性连锁横斑表型(芦花表型)的分子机制的研究已经比较深入。Hellstrom等(2010)把控制性连锁横斑表型的突变定位在CDKN2A/B基因座，并发现四个SNP位点：SNP1和SNP2为非编码突变，SNP1位于CDKN2A(ARF)基因转录起始位点上游265bp的启动子区域；SNP2位于CDKN2A基因转录起始位点下游385bp的第一内含子处；SNP3和SNP4位于CDKN2A基因的外显子1上，位置是参考序列(GeneBank GU470992)的7500bp和7502bp处，两个突变均为错义突变：V9D和R10C。Thalmann等(2017)发现性连锁芦花鸡等位基因的演变涉及CDKN2A基因上的调控和编码改变，且将芦花表型分为B0：极端稀释的芦花表型，B1：经典芦花表型，B2：有一定稀释度的芦花表型。其中B0型芦花鸡仅含有SNP1和SNP2，B1型芦花鸡含有SNP1、SNP2和SNP3，B2型芦花鸡含有SNP1、SNP2和SNP4。

目前虽然已经发现CDKN2A基因与性连锁芦花表型相关，但影响其表型的具体突变位点还未确定，且CDKN2A基因上每个SNP的作用也不清楚，芦花表型的形成机制也在继续探寻中。对于我国土生鸡种伴性连锁芦花鸡基因型及其鉴定方法的缺失严重的影响了我国种鸡育种。

发明内容

本发明的目的是为了克服现有技术的不足，提供一种我国土生鸡种伴性连锁芦花鸡基因型的鉴定方法。

本发明的第一个目的是提供一个我国土生鸡种伴性芦花表型相关的相互连锁的SNP位点组合。

本发明的第二个目的是提供所述的SNP1的检测引物。

本发明的第三个目的是提供所述的SNP2的检测引物。