[发明专利]使用双等位基因SNP靶向下一代测序的非侵入性产前测定非整倍体的方法

权利要求书

1.一种用于确定胎儿患有非整倍体的概率的方法，包括以下步骤：

a)从怀有所述胎儿的孕妇获得测试样品，所述样品包含游离胎儿DNA和游离母体DNA；

b)富集所述游离胎儿DNA和游离母体DNA中的多个靶序列，所述靶序列包含多个靶标双等位基因常染色体单核苷酸多态性(SNP)；

c)扩增所述富集的靶序列，从而获得扩增的靶序列；

d)确定一些或所有所述扩增的靶序列的至少一部分的序列，其中所述部分包含至少一个靶标双等位基因常染色体SNP；以及

e)通过使用期望最大化算法模块、总概率模块和贝叶斯模块分析所述至少一个靶标双等位基因常染色体SNP的等位基因频率以确定胎儿患有非整倍体的概率。

2.根据权利要求1所述的方法，其中，步骤b)还包括扩增至少一些所述靶序列的步骤。

3.根据权利要求1所述的方法，其中，步骤b)还包括通过探针杂交捕获至少一些所述靶序列的步骤。

4.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中，所述测试样品来源于孕妇的血液样品。

5.根据权利要求1至4中任一项所述的方法，其中，所述靶SNP是位于同一染色体上的SNP，其中，所述染色体的异常拷贝数导致所述非整倍体。

6.根据权利要求1至4中任一项所述的方法，其中，所述方法确定所述胎儿遭受的两种或更多种类型的非整倍体的概率，其中，所述两种或更多种类型的非整倍体的每一种由不同的染色体导致。

7.根据权利要求1至4中任一项所述的方法，其中，所述非整倍体选自由13三体、18三体和21三体组成的组。

8.根据权利要求1至7中任一项所述的方法，其中，步骤d)使用能够进行下一代测序的平台进行。

9.根据权利要求1至8中任一项所述的方法，其中，步骤e)包括步骤：

i、使用所述期望最大化算法模块确定整倍体和非整倍体的最大概率；

ii、使用所述总概率模块从多个条件概率确定整倍体和非整倍体的先验概率；以及

iii、使用所述贝叶斯模块将所述确定的整倍体和非整倍体的最大概率以及所述确定的整倍体和非整倍体的先验概率转化为所述胎儿的整倍体和非整倍体的后验概率。

10.根据权利要求9所述的方法，其中，所述条件概率包括基于胎儿的存活概率的非整倍体的条件概率和基于孕龄和妊娠周的胎儿存活条件概率，其中所述条件概率并非特定于所讨论的胎儿。

11.根据权利要求9所述的方法，其中，步骤i)的所述最大概率是基于给定SNP的参考等位基因和交互等位基因的等位基因计数、映射质量和碱基质量来确定的。

12.根据权利要求1至11中任一项所述的方法，还包括通过比较所述确定的非整倍体概率和产生预定灵敏度的截止值来确定胎儿是否有非整倍体的步骤。

13.一种用于确定胎儿患有非整倍体的概率的方法，包括以下步骤：

a)从怀有所述胎儿的孕妇获得血液样品；

b)从所述样品中提取游离胎儿DNA和游离母体DNA以形成测试样品；

c)确定所述测试样品中游离DNA(cfDNA)的浓度；

d)从所述测试样品制备包含多个靶序列的核酸库，所述靶序列包含多个靶标双等位基因常染色体单核苷酸多态性(SNP)；

e)对所述库的至少一部分进行测序；以及

f)通过使用期望最大化算法模块、总概率模块和贝叶斯模块分析所述多个SNP中的等位基因频率以确定胎儿患有非整倍体的概率。

14.根据权利要求13所述的方法，其中，步骤d)包括从所述游离DNA富集所述靶序列的步骤。