[发明专利]一种检测FGFR2融合的FISH探针组及其应用

说明书

本发明公开了一种检测FGFR2融合的FISH探针组及其应用，包括5′端探针组和3′端探针组；5′端探针组以FGFR2基因端粒一侧的核苷酸序列的BAC克隆为模板，用随机引物扩增而得，其中每一探针均修饰有第一报告基团；3′端探针组以FGFR2基因着丝粒一侧的核苷酸序列的BAC克隆为模板，用随机引物扩增而得，其中每一探针均修饰有第二报告基团。本发明操作快速、简便，检测结果准确可靠，可准确检测出FGFR2基因所有融合类型，为肝内胆管癌患者治疗方案提供参考依据，有利于患者个体化靶向治疗，减少药物副作用，提高患者生存质量，减轻家庭、社会负担，适于大规模推广应用。

技术领域

本发明属于分子检测技术领域，具体涉及一种检测FGFR2融合的FISH探针组及其应用。

背景技术

肝内胆管细胞癌(intrahepatic cholangiocarcinoma ICC)是起源于二级胆管及其分支上皮的腺癌，恶性程度比较高，约占肝脏原发性恶性肿瘤的10-15％，发病率仅次于肝细胞肝癌(Rizvi and Gores，Gastroenterology 2013)。在全球范围内，ICC属于较为罕见的肿瘤，但在中国、韩国、泰国等东南亚国家，ICC属于常见肿瘤，并且近年来发病率呈上升趋势，我国ICC的发病率约为7.5/10万(Cardinale et al.Hepatoma Res 2018；4：20)。

ICC早期无明显临床症状，多数患者发现时已处于晚期，预后极差，5年生存率仅为5％。随着基因检测技术的发展，通过对ICC基因谱和表达谱的分析，发现～70％ICC患者存在相关基因突变，如FGFR2融合、KRAS突变、BRAF突变、IDH突变(Sia D et al.Nature Comm2014)，同时越来越多的靶向药物被开发出来，并用于ICC的临床研究，取得了不错的治疗效果，给ICC患者带来了新的希望(Mazzaferro V et al.British Journal of cancer 2018；Javle M et al.ESMO 2018)。

FGFR2(fibroblast growth factor receptor 2)是成纤维生长因子受体家族成员，在胚胎发育、组织创伤修复、血管生成等生理过程中发挥重要作用，近年的研究表明，FGFR2通过诱导分裂、促进肿瘤细胞转移、促进血管生成等方式参与肿瘤发生、发展，是ICC等肿瘤的驱动基因，也是新的治疗靶点。FGFR2在ICC中的主要变异形式是基因融合，已发现FGFR2的融合伙伴基因有30多种，融合方式多种多样，因此，针对FGFR2融合的检测有一定的挑战。

发明内容

本发明的目的在于克服现有技术缺陷，提供一种检测FGFR2融合的FISH探针组。

本发明的另一目的在于提供一种检测FGFR2融合的FISH试剂盒。

本发明的技术方案如下：

一种检测FGFR2融合的FISH探针组，包括

5′端探针组，以FGFR2基因端粒一侧的核苷酸序列的不同的二BAC克隆为模板，用随机引物扩增而得，其中每一探针均修饰有第一报告基团；

3′端探针组，以FGFR2基因着丝粒一侧的核苷酸序列的不同的二BAC克隆为模板，用随机引物扩增而得，其中每一探针均修饰有第二报告基团；

上述随机引物由9个核苷酸构成，每一核苷酸为A、T、C或G，且从5′端起算的第一和/或第五位的核苷酸通过spacer 9连接修饰有荧光基团。

在本发明的一个优选实施方案中，所述5′端探针组的模板由RP11-78A18和RP11-436E17组成。

在本发明的一个优选实施方案中，所述3′端探针组的模板由RP11-7P17和RP11-984I17组成。

在本发明的一个优选实施方案中，所述第一报告基团为第一荧光报告基团。