[发明专利]BRCA1/2基因变异检测文库构建方法和试剂盒

说明书

本发明涉及BRCA1/2基因变异检测文库构建方法和试剂盒。本发明提供一种BRCA1/2基因的扩增子文库构建方法，所述方法包括对样本中包含BRCA1/2基因区域进行靶向扩增，所述靶向扩增包括1)以所述样本为模板，通过第一引物进行第一轮PCR扩增，2)以第一轮PCR扩增的产物为模板，通过第二引物进行第二轮PCR扩增，以及3)以第二轮PCR扩增产物为模板，通过第三轮PCR扩增构建BRCA1/2基因的扩增子文库。本发明还提供用于构建BRCA1/2基因的扩增子文库和/或检测BRCA1/2基因变异的试剂盒。本发明的方法和试剂盒能够在一个试剂管中进行PCR反应，简单快速构建扩增子文库，显著降低了操作的繁琐程度和对检测样本的需求量，提高了测序数据的整体质量。

技术领域

本发明涉及基因检测文库构建方法和产品。具体而言，本发明涉及用于BRCA1/2基因变异检测的文库构建方法和试剂盒。

背景技术

耗资30亿美元历时10余年完成的人类基因组计划(Human Genome Proiect，HGP)给基因组学研究带来了天翻地覆的变化，通过测定人类基因组DNA的序列，探寻基因在染色体上的位置，明确基因的结构和功能，解读人类的全部遗传信息，人类第一次在分子水平上全面认识自我。新一代测序技术催生了丰富多彩的基因组图谱。

新一代测序技术又称大规模平行测序(massively parallel sequencing，MPS)，是指采用“边合成边测序”的原理、对于几十万到几百万DNA分子同时进行平行的测序反应，然后通过生物信息学分析所得到的原始图像数据或电化学信号、最终得到待测样品的核酸序列或拷贝数等信息的测序技术，又称为高通量测序、深度测序等。

然而，有些研究并不需要对全基因组进行测序，而只需对特定的基因组区域进行研究。扩增子测序就是通过设计感兴趣的基因组区域的引物，通过PCR扩增，将目标区域DNA富集后进行高通量测序的研究策略。

扩增子测序技术通常会使用大量的引物，为了避免大量引物二聚体的生成，常见的方法是将反应体系从一管拆分至多管，从而降低每管反应中引物的数量，减少引物二聚体的生成。但是该方法，大大增加了操作的繁琐程度及检测样本的需求量。同时，目前主要的扩增子建库技术，对目标区域进行扩增时，通常会使用多循环PCR程序，由于不同引物之前扩增效率不同，通过双向引物指数型PCR扩增，经过多循环PCR程序后，扩增区域的均一性会出现显著的差别，最终可能导致测序数据质量整体变差。

发明内容

本发明针对当前新一代测序过程使用的扩增子测序技术存在的不足进行针对性研究，提出了新的BRCA1/2基因变异检测文库构建方法，大大缩短了变异检测时整个文库构建流程所需的工作量，同时降低了对样本量的需求。

在一些实施方案中，本发明提供一种BRCA1/2基因的扩增子文库构建方法，所述方法包括对样本中包含BRCA1/2基因区域进行靶向扩增，所述靶向扩增包括1)以所述样本为模板，通过第一引物进行第一轮PCR扩增，2)以第一轮PCR扩增的产物为模板，通过第二引物进行第二轮PCR扩增，以及3)以第二轮PCR扩增产物为模板，通过第三轮PCR扩增构建BRCA1/2基因的扩增子文库。在一些实施方案中，所述样本可以包含来自受试者的基因组DNA或通过反转录获得的cDNA。在一些实施方案中，所述样本可以包含来自受试者的BRCA1/2基因。在一些实施方案中，来自受试者的BRCA1/2基因可以包括野生型BRCA1/2基因或变异BRCA1/2基因。