[发明专利]一种检测遗传性高度近视基因21个突变位点的方法

说明书

本发明公开了一种检测高度近视21个热点突变位点的方法，针对人高度近视的十种致病基因OPN1LW、SCO2、ZNF644、CCDC111、LRPAP1、SLC39A5、P4HA2、ARR3、BSG和P3H2中的21个热点突变，该检测方法是以基质辅助激光解吸附/电离飞行时间质谱技术检测基因组DNA，通过扩增21个高度近视相关的SNP位点，再进行单碱基延伸，使在SNP位点上延伸1个碱基。由于离子的质量不同，其在真空小管中飞行的时间长短也不同，借以来判断离子质量的大小，从而判断位点的基因型。

技术领域

本发明涉及生物检测技术领域，具体涉及一种检测临床样品中遗传性高度近视(High Myopia)的十种致病基因OPN1LW、SCO2、ZNF644、CCDC111、LRPAP1、SLC39A5、P4HA2、ARR3、BSG和P3H2中的21个热点突变的方法。

背景技术

高度近视是指屈光度高于-6D，或眼轴长度大于26mm的屈光不正，是一类非常严重的近视。在近视患者中，高度近视的发病率约为2％，常伴有颞侧弧形斑、色素上皮变薄、豹纹状眼底、Fuch斑、视网膜脉络膜萎缩、漆裂纹等，并且可以引发多种严重并发症，例如视网膜脱离、青光眼、白内障等，因此高度近视已经成为第四位不可逆性致盲性眼病。高度近视也可能是某些其他疾病的继发表现，如Marfan综合征、Knobloch综合征、Stickler综合征、青光眼及代谢类疾病。2012年一项调查显示，上海大学生高度近视率达19.5％，2015年对我国西部地区中学生的调查表明高度近视患病率为(2.9±0.4％)，而17岁以上中学生达(9.9±3.0％)。高度近视的患病率呈现明显的种群特异性，2013年PAN等研究发现，新加坡华人高度近视患病率明显高于印度裔、马来西亚裔两个种群。研究表明，患有近视的父母的子女高度近视的患病率高于父母无近视的子女，这提示遗传因素在高度近视发病中的重要作用。因此，在基因水平上探索高度近视的发病机制逐渐成为国内外研究的热点。

高度近视的遗传模式是通过流行病学研究来确定的，主要包括常染色体显性遗传、常染色体隐性遗传、X-性连锁隐性遗传等多种遗传模式，其中最常见的是常染色体隐性遗传，最少见的是X-性连锁隐性遗传。对高度近视遗传学的研究方法主要包括连锁分析、全外显子测序以及全基因组关联分析。利用连锁分析研究高度近视已近30年，目前已获得至少10余个与高度近视相关的致病基因：如OPN1LW、SCO2、ZNF644、CCDC111、LRPAP1、SLC39A5、P4HA2、ARR3、BSG和P3H2。这些高度近视相关的致病基因已通过全外显子测序和全基因组关联分析的验证，为展开大规模高度近视基因筛查和诊断提供了理论基础。

高度近视基因检测可以明确大部分遗传性高度近视的原因，通过高度近视基因检测结果的分析，可以确定遗传方式，计算高度近视再发风险，对患者及其家庭成员的患病风险、携带者风险、子代的再发风险作出准确评估与解释。通过客观、准确的指导和干预措施，从根本上预防和阻断遗传性高度近视，是实现预防高度近视出生缺陷目标的重要步骤和手段。

基质辅助激光解吸电离(matrix assisted laser desorption/ionization，MALDI)是一种脉冲式软电离技术。经电离的样本从离子源转送到质量分析器内进行分析，得到分子量。由于MALDI离子源产生的离子常用飞行时间(timeofflight，TOF)质量分析器来分析，所以MALDI常与TOF连在一起使用，称为基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-T0F-MS)。由于质谱技术与多引物延伸技术和MassARRAY技术结合使用，可以在一个反应体系中同时检测多个突变位点，大大减轻了工作量，提高了检测通量，并降低了检测费用。

发明内容