[发明专利]检测黄牛lncFAM200B基因5’侧翼区单核苷酸多态性的方法及其应用

说明书

本发明公开了一种检测黄牛lncFAM200B基因5'侧翼区单核苷酸多态性的方法及其应用，以中国地方黄牛全基因组DNA为模板，PCR扩增黄牛lncFAM200B基因5'侧翼区序列，再对PCR扩增产物进行琼脂糖凝胶电泳和DNA测序；根据测序结果鉴定黄牛lncFAM200B基因5'侧翼区的2个单核苷酸变异；关联分析发现lncFAM200B基因5'侧翼区的这2个单核苷酸位点对生长性状具有重要调控，可作为分子标记。本发明提供的检测方法为建立lncFAM200B基因SNP与生长性状关系提供简单、快速的途径，检测结果可用于生长性状的标记辅助选择，加快建立遗传资源优良的黄牛种群。

技术领域

本发明属于现代生物技术与家畜育种领域，涉及利用PCR扩增和DNA测序技术检测长链非编码RNA基因lncFAM200B(long noncoding RNA family with sequencesimilarity 200member B)5’侧翼区单核苷酸多态性遗传标记位点。

背景技术

随着社会的快速发展，人们的生活水平不断提高，对畜产品的需求量迅速增加，对畜产品品质的要求不断发展变化，从而推动育种目标不断发展改进。古人类在开始驯化家畜的时候即开始了育种活动，他们通过表型观察，挑选符合人们需求的个体进行留种，从而一代一代的提高家畜的生产性能。进入20世纪以后，人们认识到基因对生物表型的重要性，于是逐步开始从遗传角度考虑如何提高家畜的生产性能。慢慢的发展出通过杂交等手段进行育种，从而达到将不同品种的优良性能进行合并的目的。近年来，育种过程发展的越来越系统，已不仅局限在家畜表型上，还涉及到经济效益和环境保护，以求在经济效益最大化、不影响环境的情况下，最大限度的提高家畜的生产性能。同时，在育种的进程中，也不再仅仅考虑单一的生产性能，而是综合考虑生长、繁殖、肉质等指标，从而制定出一个合理的育种方案。随着分子细胞生物学技术的不断发展，越来越多的现代生物技术被应用到家畜育种中，例如分子标记辅助选择(Marker-assisted selection,MAS)育种、基因编辑育种、胚胎移植等技术。这些技术的应用大大的提高了育种速度和效率，并且能够更好的在不影响其它性状的基础上，朝着人们需要的方向定向育种。

分子标记辅助选择是随着现代分子生物学技术的迅速发展而产生的最适合当前技术发展的新育种方法。该技术能够在分子水平上快速准确的对个体基因型进行选择。利用目的性状与分子标记紧密连锁的特点，通过检测分子标记并进行筛选，以达到选择目的性状的目的，具有快速、准确、不受外界环境条件干扰等特点。该方法的实施是建立在已知关键变异的基础上，即在实际应用中，需要先找到控制某一关键性状的数量性状位点(QTL)或关键的遗传变异作为遗传标记，例如拷贝数变异(Copy number variation,CNV)，短片段插入缺失(Insertion/Deletion)，单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)等，进而通过对遗传标记的选择来间接选择在某些性状上具有优良表现型的个体。

在这些遗传标记中，由于SNP只涉及单个碱基的转换、颠换、插入或缺失，因此，在所有基因组的可遗传变异中，SNP分布最广，发生频率最高。在人类的可遗传的变异中，SNP占所有已知多态性的80％以上，平均每500～1000个碱基对中就有1个SNP。在SNP的几种变异中，转换发生的概率总是明显高于其它几种变异，尤其是C-T的突变。在基因组DNA中，SNP可能发生在基因的任何位置，可能在基因间区、基因内部、内含子区、外显子区，以及基因调控区。基因编码区的SNP可以进一步分为错义突变、无义突变、同义突变。而基因调控区SNP又可以分为增强子区、3'非翻译区、5’非翻译区、3'侧翼区、5’侧翼区等不同位置的SNP。基因编码区的错义突变和无义突变会导致基因编码氨基酸序列的改变，进而影响蛋白的结构和功能，同义突变可能会通过影响翻译过程中氨基酸的偏向性而影响蛋白的生成量，进而影响蛋白功能的发挥。基因调控区的SNP会通过影响与反式作用因子等的相互作用，进而影响基因的转录翻译水平。5’侧翼区的SNP可能通过转变启动子与转录因子的结合而调控基因的表达。总而言之，不同位置的SNP会通过不同的途径影响基因的表达，进而影响生物的表型性状。