[发明专利]一种线粒体拷贝数和序列变异的检测方法

权利要求书

1.一种线粒体DNA拷贝数和序列变异的检测方法，包括如下步骤：

(1)采用用于扩增管家基因的引物对对待测者的基因组DNA进行PCR扩增，得到管家基因扩增产物，并检测所述管家基因的扩增效率，得到所述管家基因扩增效率；

采用用于扩增线粒体全基因组DNA的引物对对待测者的基因组DNA进行PCR扩增，得到线粒体全基因组DNA扩增产物，并检测所述线粒体全基因组DNA的扩增效率，得到所述线粒体全基因组DNA扩增效率；

(2)将所述管家基因扩增产物和线粒体全基因组DNA混匀，得到混合产物；

(3)将所述混合产物建库并基于BGI-Seq系列测序平台进行测序，根据测序结果确定待测者线粒体DNA拷贝数和序列变异情况；

所述线粒体DNA拷贝数Cmt的计算公式如下：Cmt＝ρ×(x/y)，ρ为所述管家基因扩增效率与所述线粒体全基因组DNA扩增效率的比值；x为所述管家基因的reads数，y为所述线粒体全基因组DNA的reads数。

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于：所述步骤(1)中，所述用于扩增管家基因的引物对为引物对1或引物对2或引物对3或引物对4或引物对5或引物对6；

所述引物对1由序列1所示的单链DNA分子和序列2所示的单链DNA分子组成；

所述引物对2由序列3所示的单链DNA分子和序列4所示的单链DNA分子组成；

所述引物对3由序列5所示的单链DNA分子和序列6所示的单链DNA分子组成；

所述引物对4由序列7所示的单链DNA分子和序列8所示的单链DNA分子组成；

所述引物对5由序列9所示的单链DNA分子和序列10所示的单链DNA分子组成；

所述引物对6由序列11所示的单链DNA分子和序列12所示的单链DNA分子组成；

或，所述用于扩增线粒体全基因组DNA的引物对为引物对7或引物对8；

所述引物对7由序列13所示的单链DNA分子和序列14所示的单链DNA分子组成；

所述引物对8由序列15所示的单链DNA分子和序列16所示的单链DNA分子组成。

3.根据权利要求1或2所述的方法，其特征在于：所述步骤(2)中，所述线粒体全基因组DNA为基于单对引物通过PCR扩增得到的；

或，所述线粒体全基因组DNA为步骤(1)中所述的线粒体全基因组DNA扩增产物；

或，所述管家基因扩增产物和所述线粒体全基因组DNA扩增产物等量混匀。

4.根据权利要求1-3任一所述的方法，其特征在于：所述步骤(1)中，PCR扩增所述管家基因的循环数为25；或，PCR扩增所述线粒体全基因组DNA的循环数为25。

5.根据权利要求1-4任一所述的方法，其特征在于：所述步骤(3)包括如下步骤：

(3-1)将所述混合产物进行片段化、末端修复和加A尾，得到预处理DNA产物；

(3-2)将所述预处理DNA产物连接接头并进行PCR扩增，得到扩增后DNA产物；

(3-3)将所述扩增后DNA产物变性，得到单链DNA产物；

(3-4)将所述单链DNA产物环化，得到单链环状DNA产物；

(3-5)将所述单链环状DNA产物进行滚环复制，得到核酸纳米球；基于BGI-Seq系列平台对所述核酸纳米球进行测序。

6.根据权利要求5所述的方法，其特征在于：所述步骤(3-1)中，所述片段化的方法为物理打断法或酶切打断法；

或，所述步骤(3-5)中，所述BGI-Seq系列平台为BGISeq500平台。

7.一种线粒体DNA变异的检测方法，包括权利要求1中的步骤(2)和步骤(3)。

8.权利要求1中所述的用于扩增管家基因的引物对和/或用于扩增线粒体全基因组DNA的引物对。