[发明专利]一种拷贝数变异的检测方法和实施该方法的设备

权利要求书

1.一种检测基因拷贝数变异的方法，包括以下步骤：

(1)构建对照集：

(1.1)从bed文件中提取每个区段region的目标信息，并将每个区段前后各延伸一定长度的核苷酸，获得扩展区段；

(1.2)获取多个正常样本的测序数据；

(1.3)将每个正常样本的测序数据比对到参考人类基因组，提取唯一比对的read，获得比对后文件；

(1.4)基于扩展区段，计算比对后文件中每个read的覆盖度值，并将所述覆盖度值标准化，获得每个扩展区段中每个read的标准化覆盖度值；

(1.5)合并每个扩展区段中每个read的标准化覆盖度值，并计算每个扩展区段的覆盖度中值作为对照集；

(2)分析待测样本的测序数据：

(2.1)获取待测样本的测序数据；

(2.2)将待测样本的测序数据比对到参考人类基因组，提取唯一比对的read，获得比对后文件；

(2.3)计算比对后文件中每个read的覆盖度值，并将所述覆盖度值标准化，获得每个read的标准化覆盖度值；

(2.4)将多个具有相同标准化覆盖度值的连续read合并为一个片段；

(2.5)根据步骤(1.5)获得的正常样本的每个扩展区段的覆盖度中值和步骤(2.4)获得的待测样本的每个片段的标准化覆盖度值计算待测样本每个片段的Ptn值；

(2.6)根据Ptn值的绝对值的大小判断是否存在基因拷贝数变异，并且Ptn值为正数判断为拷贝数重复，Ptn值为负数判断为拷贝数缺失。

2.根据权利要求1所述的方法，其中步骤(1.3)和/或步骤(2.2)还包括对比对后文件进行质控的步骤。

3.根据权利要求1所述的方法，其中通过归一化、比例化、中值标准化或对数转换的方法进行步骤(1.4)和/或步骤(2.3)中将覆盖度值标准化的步骤。

4.根据权利要求1所述的方法，其中所述基因拷贝数变异是与疾病相关的基因拷贝数变异。

5.根据权利要求4所述的方法，其中所述疾病选自杜氏进行性肌营养不良症、贝氏进行性肌营养不良症、脊髓性肌肉萎缩症、遗传性乳腺癌。

6.一种检测基因拷贝数变异的设备，包括：

存储器，被配置为存储一个或多个程序；

处理单元，耦合至所述存储器并且被配置为执行所述一个或多个程序使管理系统执行多个动作，所述动作包括执行根据权利要求1所述的方法的步骤。

7.一种计算机可读存储介质，所述可读存储介质上存储有机器可执行指令，所述机器可执行指令在被执行时使机器执行根据权利要求1所述的方法的步骤。