[发明专利]一种基于接触图的蛋白质结构比对方法

权利要求书

1.一种基于接触图的蛋白质结构比对方法，其特征在于，所述比对方法包括以下步骤：

1)输入两个待比对的蛋白质三维结构信息，分别记作P_a与P_b；

2)对于来自同一个蛋白质的任意两个氨基酸残基R_i与R_j，根据它们的β碳原子C_β的三维坐标信息D_i与D_j，当氨基酸残基中没有C_β时，将中心碳原子C_α的坐标信息看作C_β的坐标信息，计算它们的接触状态m_i,j：若D_i与D_j之间的距离小于等于8埃，则表示R_i与R_j接触，记m_i,j＝1；否则，表示R_i与R_j不接触，记m_i,j＝0；

3)根据步骤2)，计算P_a中所有氨基酸残基两两之间的接触状态，组成接触图M_a：

其中，N_a表示P_a中氨基酸残基的数目，表示P_a中的第i和第j个氨基酸残基的接触状态；

4)根据步骤2)，计算P_b中所有氨基酸残基两两之间的接触状态，组成接触图M_b：

其中，N_b表示P_b中氨基酸残基的数目，表示P_b中的第i和第j个氨基酸残基的接触状态；

5)对于P_a中的任意一个氨基酸残基在M_a中取以为中心、尺寸为K×K的窗口，该窗口内的元素组成的矩阵记作窗口中落在M_a外的元素设置为0，用来表示周边信息；其中，1≤K≤N_a且1≤K≤N_b；

6)对于P_b中的任意一个氨基酸残基在M_b中取以为中心、尺寸为K×K的窗口，该窗口内的元素组成的矩阵记作窗口中落在M_b外的元素设置为0，用来表示周边信息；

7)根据与计算分别来自P_a与P_b的氨基酸残基与的相似性s_i,j：

8)计算所有的s_i,j，组成相似性矩阵

9)根据相似性矩阵S，使用动态规划算法计算得到P_a与P_b比对信息Ali(P_a,P_b)；

10)根据比对信息Ali(P_a,P_b)，使用TM-score工具计算P_a与P_b的结构相似性得分，并返回P_a与P_b在三维空间上的比对信息。