[发明专利]一种判断样本性别的方法以及实施该方法的装置

说明书

本发明涉及一种判断样本的性别的方法，其包括以下步骤：(1)获取样本的测序数据；(2)基于所述测序数据计算X染色体上的特定位点是否为杂合位点；和(3)根据步骤(2)的结果判断样本的性别，其中一个或多个所述特定位点为杂合位点则表明该样本为女性，否则为男性。本发明还涉及用于实施该方法的装置和设备。

技术领域

本发明涉及测序数据的分析方法。更具体地，本发明涉及通过分析测序数据判断样本性别的方法以及实施该方法的装置。

背景技术

近年来，随着二代测序技术的蓬勃发展，高通量的基因测序技术日臻成熟，测序技术原理的不断创新和工程材料应用瓶颈的不断突破使得高通量的基因组序列读取趋于满足个体化需求，并逐渐从常规基础科研实验室的应用转入临床医学的应用。二代测序技术自问世以来就因其高效和低廉的单碱基测序成本而为临床应用提供了不可估量的前景优势，尤其相对传统的Sanger测序法其每次产生的数据量几乎是天文数字，加之信息科学的持续发展，使得对这样的大数据进行有效的处理已成为现实。

最近，二代测序技术已经在各种复杂疾病例如癌症、遗传疾病等的致病基因检测中得到一定的运用，并逐步走向了临床诊断。在遗传疾病的分析过程中，性别是影响分析的关键因素之一。尤其是在一些性连锁遗传疾病中，例如性连锁显性遗传病：无汗症、抗维生素D佝偻病、遗传性肾炎、脂肪瘤、脊髓空洞症等；和性连锁隐性遗传病：红绿色盲、血友病、蚕豆病、家族性遗传性视神经萎缩、血管瘤、睾丸女性化综合征、肾性糖尿病、先天性白内障、无眼畸形等中，性别信息更是致病基因检测和分析中的主要参考因素。因此，在遗传疾病的临床分析过程中，性别信息至关重要。只有在获取性别信息的基础上才能更准确的进行疾病分析，辅助临床。

目前利用二代测序进行遗传疾病分析过程中，通常的做法是患者或医生将性别信息录入后直接传递给数据分析人员。但在此信息传递过程中，往往会出现人工录入有误或者遗漏的情况，造成后续分析出现偏差或错误。此外，在实践中，有时由于实验操作串位，也会导致样本与测序数据对应错误，从而导致测序分析结果与样本来源不匹配，甚至给出错误的诊断结果，因此需要对性别信息进行质控。并且，对于无法运用形态学方法进行性别判断的情况，例如法医学和灾难事件中的外表严重毁坏的尸体、胎儿早期诊断以及考古学中的白骨化尸体，也存在判断性别的必要。

因此，需要一种简单有效的性别判断方法，以实现对性别信息的质控，及时发现实验操作中的串位避免实验浪费，从而保证后续分析结果的准确。

发明内容

本发明人出乎意料地发现，X染色体上的一些特定的杂合位点的存在可以用于判断性别。具体而言，由于女性样本具有2条X染色体，而男性样本仅具有1条X染色体，因此这些特定的杂合位点只可能出现在女性样本中(而特定的纯合位点则可能出现在男性或女性样本中)。

因此，本发明的第一个方面涉及一种判断样本的性别的方法，其包括以下步骤：

(1)获取样本的测序数据；

(2)基于所述测序数据计算X染色体上的特定位点是否为杂合位点；和

(3)根据步骤(2)的结果判断样本性别，其中一个或多个所述特定位点为杂合位点表明该样本为女性，否则为男性；

其中所述X染色体上的特定位点选自下表1所示的位点：

表1：

在第二个方面，本发明还涉及一种判断样本的性别的装置，包括：

--数据提取装置，用于获取样本的测序数据；

--计算装置，用于基于所述测序数据计算X染色体上的特定位点是否为杂合位点；和

--判断装置，用于判断样本的性别，其中一个或多个所述特定位点为杂合位点表明所述样本为女性，否则为男性；