[发明专利]调控水稻细菌性褐条病抗性的主效QTL位点Apam-1的分子标记及其应用

说明书

本发明公开了一种调控水稻细菌性褐条病抗性的主效QTL Apam‑1，QTL位点位于1号染色体DNA片段上，遗传距离为162.95‑172.83cM，物理距离为38013068bp‑40317380bp。本发明还同时提供了调控水稻细菌性褐条病抗性的主效QTL位点Apam‑1的Indel标记，为Bbsr‑1和Bbsr‑2的引物对。本发明还同时提供了一种人工接种鉴定水稻植株抗病性的方法。本发明利用分子标记方法进行筛选，定向选择，可获得具有条斑病抗性的水稻，大大提高了育种效率。

技术领域

本发明属于水稻抗病育种及分子生物学领域，具体涉及一个调控水稻细菌性褐条病抗性的主效QTL位点Apam-1的分子标记及其应用。

背景技术

水稻细菌性褐条病(Bacterial brown stripe of rice,BBSR)又称水稻细菌性心腐病，是一种带菌率极高的种传病害。该病最早于上世纪五十年代在日本被发现，目前在亚洲、非洲、欧洲、美洲等世界范围内都有报道，在我国主要分布于长江流域和华南水稻产区(刘贺，2015)。水稻细菌性褐条病在大田中浅水管理时发病率很低，在0.07％以下，症状主要表现为单丛枯心。若经常保持深水的稻田，会呈中心病株扩散型，多丛集中在一起发病，发病率可达1％左右。如果大水淹苗，丛发病率都在15％左右，高的达100％，这对水稻的产量和质量会造成极大的危害。近几年来，随着早、中稻生长季节时常伴有暴雨，稻苗受淹或受洪涝侵袭的几率增大，使得褐条病在局部发生大流行，使得水稻产量损失严重(杨春兰，2015)。一般水淹过后一星期即见明显发病。原发病株为枯心型，被传染株症状先以边叶枯褐条症状为主，接着或同时发生枯心症状。如遇高温晴天，枯心表现为青枯扭曲筒卷的急性症状，由此可看出，水是再侵染扩散的途径；大水漫秧，伤口多，侵入发病也多(李俊平等，2002)。燕麦食酸菌燕麦亚种(Acidovorax avenae sub.avenae)是引起该种病害的病原菌，被该菌侵染的植株大多在抽穗前便枯死，存活下来的常早穗。孕穗期，穗苞染病导致穗早枯，穗颈异常伸长，小穗梗淡褐色且弯曲畸形，谷粒呈褐色不实，部分稻穗或还未伸长就从剑叶叶枕下破叶鞘而出，或裹在叶鞘内成“闷死胎”(王丽，2016；申荣萍等，2015)。

水稻细菌性褐条病发病严重，防治困难，目前生产上采取的防治措施主要有农业防治和化学防治。虽然这些措施起到了一定的防治作用，但却不能从根本上减少水稻细菌性褐条病的发生。抗性基因是水稻与病原菌长期互作的过程中演化出来了的多种防卫机制之一。挖掘水稻基因组上的抗细菌性褐条病遗传位点，导入到我们常用的水稻主栽品种中，以适应各地不同的气候条件，就能极大降低褐条病的发病率，且是一种最安全且经济有效的防治途径。迄今，QTL定位研究在水稻上虽有较多的报道，但在水稻抗细菌性褐条病基因QTL定位分析方面的报道非常少，通过构建遗传连锁图谱和数量性状位点(QuantitativeTrait Locus，QTL)分析，可以有效的找到与水稻细菌性褐条病抗性相关的主效QTL并应用于水稻分子辅助育种，改良水稻植株，节约了成本，还提高了育种效率。

发明内容

本发明要解决的技术问题是提供调控水稻细菌性褐条病抗性的主效QTL位点Apam-1的分子标记及其应用。

为了解决上述技术问题，本发明提供一种调控水稻细菌性褐条病抗性的主效QTLApam-1：QTL位点位于1号染色体DNA片段上，遗传距离为162.95-172.83cM，物理距离为38013068bp-40317380bp，LOD值高达4.67。

注：其对水稻细菌性褐条病具有较强抗性。QTL指的是控制数量性状的基因在基因组中的位置。

本发明还同时提供了调控水稻细菌性褐条病抗性的主效QTL位点Apam-1的Indel标记：为Bbsr-1和Bbsr-2的引物对；

分子标记Indel Bbsr-1的引物对为：

上游引物5’-CATAGCATTTTCGATTTTTGAA-3’