[发明专利]一种与暗纹东方鲀肥满度相关的SNP分子标记及其应用

说明书

本发明公开了一种与暗纹东方鲀肥满度相关的SNP分子标记及其应用。所述的SNP分子标记来源暗纹东方鲀血清素受体4(HTR4)基因序列如SEQ ID NO：1所示，在该序列的第100位存在SNP位点，碱基为C或G。本发明公开的SNP位点与暗纹东方鲀肥满度显著相关，可以有效应用于暗纹东方鲀的分子标记辅助育种，从而可以节省该鱼良种选育时间。该方法操作准确、简单实用。

技术领域

本发明涉及一种与暗纹东方鲀肥满度相关的SNP分子标记及其应用，属于水产动物遗传及分子标记辅助选择育种技术领域。

背景技术

暗纹东方鲀(Takifugu fasciatus)，俗称河鲀鱼，属硬骨鱼纲，辐鳍鱼亚纲，鲀形目，东方鲀属，是一种味道鲜美的名贵经济鱼类，与刀鱼、鲥鱼合称为“长江三鲜”，主要分布在中国、朝鲜半岛和日本等国家的沿海地区和内陆河流。直到1954年，长江下游野生河豚的产量可达到每年1000吨，但半世纪以来随着捕捞技术的迅速发展，无节制的捕捞使得暗纹东方鲀种群数量迅速下跌，致野生暗纹东方鲀的渔汛已经基本消失。所以，通过人工繁育来缓解市场对暗纹东方鲀的供求矛盾，不仅是一种必要的措施，也是减缓野生资源压力的方法。目前中国有江苏、广东、上海、福建、海南、浙江、四川、河南、湖北、安徽等省市开展了暗纹东方鲀的养殖，年产量约2万吨，产值可达数十亿。

但是，在暗纹东方鲀的实际生产的过程中，商品鱼生长速度依然较慢，抵抗力也较差，时常出现病害增加、肉质下降等种质退化现象。良种繁育已成为突破暗纹东方鲀产业瓶颈的要素之一。在实际暗纹东方鲀生产中，一些体重大的个体可能出现体型瘦长、肉质少且口感松散的发育特征，所以在该球形体型的鱼良种选育时仅仅对单一体长或者体重进行评价，可能会使得结论不太精确，不能全面而准确地反映其生长状况。而肥满度K(K＝(W/L³)×100％)是鱼体重量(W)与鱼体体长(L)立方数的比值，是反映鱼类肥瘦程度和生长情况的综合指标。因此以肥满度为参考指标，培育出体形浑圆、肉质饱满、生长快速的优良新品种是提升暗纹东方鲀产业养殖效率的有效方法。

分子育种，即分子标记辅助育种，是指利用DNA分子标记对育种目标进行标记选择，从而达到选育、改良特定遗传性状的目的，是一种传统遗传技术与现代分子生物学技术有机结合的新育种策略。随着分子生物技术的发展，分子标记辅助育种在鱼类育种工作中越来越重要，并开始展现出独特的优越、精确性和可靠性。单核苷酸多态性(Singlenucleotide polymorphisms,SNPs)标记是第三代分子标记，具有多态性高、遗传稳定和检测方便等优点，已被广泛应用于各种分子育种的研究领域。迄今为止已有研究证实血清素受体4(HTR4)会显著影响动物胃排空和摄食能力，在人类和小鼠胃动力研究中都有报道，而在在虹鳟和齐口裂腹鱼中也有血清素拮抗剂的研究，但尚未见到有关暗纹东方鲀HTR4相关的SNPs应用报道。

发明内容

发明目的：为解决上述技术问题，本发明目的是：

a)提供一种与暗纹东方鲀肥满度相关的SNP分子标记，即利用暗纹东方鲀HTR4基因上与肥满度显著相关的一个SNP位点进行分子标记辅助育种；

b)提供用于检测上述SNP分子标记的一对引物；

c)提供上述SNP分子标记的应用。

技术方案：为达到上述发明目的，本发明采用以下技术方案：

一种与暗纹东方鲀肥满度相关的SNP分子标记，所述的SNP分子标记来源基因(HTR4)的部分基因组序列如SEQ ID NO：1所示，自5’端起，该序列的第100位存在SNP：g.100CG SNP位点，核苷酸为G或C。该位点呈现CC型的个体肥满度显著高于GG型个体；

SEQ ID NO：1：219bp，DNA，HTR4(5-Hydroxytryptamine Receptor 4)