[发明专利]一种山羊HIAT1基因插入/缺失多态性的检测方法及其应用

说明书

本发明公开了一种山羊HIAT1基因插入/缺失多态性的检测方法及其应用。以待测山羊全基因组DNA为模板，通过PCR扩增山羊HIAT1基因部分片段，再进行琼脂糖凝胶电泳，根据电泳结果鉴定山羊HIAT1基因NC_030810.1:g.7695‑7696位15‑bp插入/缺失多态性位点的基因型。相关分析结果发现，山羊HIAT1基因15‑bp插入/缺失多态性的不同基因型与陕北白绒山羊的生长性状存在显著相关关系，可作为提高山羊生长性状的DNA标记。本发明提供的检测山羊HIAT1基因插入/缺失多态性的方法，可应用于山羊分子标记辅助选择育种中，加快建立优良生长性状的山羊遗传资源群体。

技术领域

本发明属于生物技术与家畜育种领域，涉及山羊HIAT1基因NC_030810.1:g.7695-7696位15-bp插入/缺失多态性(indel)位点的快速、准确分型检测及其在分子标记辅助选择育种中的应用。

背景技术

动物育种技术主要包括以表型和表型值为基础的常规育种技术和以DNA多态为基础的分子育种技术。分子标记辅助选择(marker-assisted selection，MAS)育种技术作为分子育种技术体系的重要组成部分，广泛应用于实际育种工作中。MAS育种技术可以在DNA水平上快速准确地分析个体的遗传组成，通过杂交将目的基因转移到需要改良的亲本中，将目标基因型的鉴定与传统育种相结合，从而实现对基因型的直接选择，提高育种目标的定向性。MAS首先检测候选基因的DNA多态性，然后分析多态位点与遗传性状之间的相关性，最后再根据与遗传性状显著相关的DNA标记进行性状选择。该方法在克服表型鉴定的困难、早期选择、进行无损害的性状评价和选择及提高回交育种效率等方面具有优越性。

寻找重要功能基因、筛查重要基因遗传变异位点，并分析变异位点与生长性能的相关性，是标记辅助选择(MAS)技术应用的前提和关键。插入/缺失多态性(insertion/deletion,indel)是一种分子标记，是DNA或蛋白质序列水平上发生频率仅次于残基替换的改变，indel是人类基因组中一种特殊类型的二等位基因遗传标记，表现为基因组中插入或缺失了不同大小的小片段DNA。与SNP相比，indel均是源于单突变事件，其突变频率较低，相对比较稳定，在结构上属于二等位基因多态性，能够通过很小的扩增子(50bp)进行扩增。

indel大致分成以下5大类：(1)单碱基对的插入/缺失；(2)单一碱基的插入/缺失；(3)重复单元为2～15个碱基的多碱基对插入/缺失；(4)转座子插入/缺失；(5)任意DNA序列的插入/缺失多态性。随着比较基因组学的深入研究，indel为理论研究和遗传育种应用研究提供了大量的生物信息，其作为新一代的遗传学鉴定标记，兼具SNP的优点。indel多集中在人类和各种农作物(如水稻和玉米等)的基因组研究中，在畜禽上则集中在对鸡生长性状的研究，在反刍动物上研究和应用甚少。由此，对反刍家畜的功能性基因的indel标记研究亟待开拓和深入。

随着人们生活水平的提高，社会对山羊产品的需求不断加强，但近年来羊肉、羊奶、羊绒等羊产品严重短缺。在高产、优质和高效的山羊育种目标上，通过对在DNA水平上筛查的与山羊生长发育性状密切相关的DNA标记进行基因多态性的检测，以及基因多态性与体尺性状的关联分析，从而利用MAS加快建立优良体尺性状山羊种群一直是关注热点。