[发明专利]一种筛选科宝肉鸡DNA条形码的方法及其应用

权利要求书

1.一种科宝肉鸡DNA条形码，其特征在于：所述科宝肉鸡DNA条形码为由12S rRNA基因的+391,+397,+470,+692,+715,+720,+721,+725,+769位点组成的单倍型“TCTACGGGC”。

2.根据权利要求1所述的科宝肉鸡DNA条形码，其特征在于，所述的科宝肉鸡DNA条形码由下列方法筛选得到：

(1)选择不同公司提供的不同品种纯种鸡以及科宝肉鸡作为试验对象，采集血液，并进行基因组DNA提取；

(2)根据已有的DNA条形码的研究，选择线粒体基因12S rRNA用于DNA条形码的筛选；

(3)设计候选线粒体基因PCR扩增的特异引物，对每个品种的DNA混合池进行PCR扩增，测序，以获得每个品种候选基因的详细序列信息；

(4)比对所有品种DNA池的测序结果，记录不同品种的序列变异信息，寻找特异的SNP位点；

(5)将SNP集中区域作为目的片段，设计引物并对所有个体的DNA样品进行PCR扩增；

(6)基于选择的目的片段进行单倍型分析，筛选不同品种鸡所具有的单倍型序列；

(7)排除科宝肉鸡与其他品种共有的单倍型基因序列，筛选其独有的单倍型，作为科宝肉鸡独有的DNA条形码，并以此作为鉴定科宝肉鸡的标准；

(8)比对获得其他品种鸡所特有的单倍型序列，分析每一种单倍型的比例和其作为品种专用DNA条形码的可行性；

(9)由12S rRNA基因的+391,+397,+470,+692,+715,+720,+721,+725,+769位点组成的单倍型“TCTACGGGC”即为科宝肉鸡DNA条形码。

3.根据权利要求2所述的科宝肉鸡DNA条形码，其特征在于：步骤(3) 中所述的特异引物为12S rRNA-full-F：5’-TATCCGCATCCCAGTGAA-3’,12S rRNA-full-R：5’-CTAAGTGCACCTTCCGGTAC-3’。

4.根据权利要求2所述的科宝肉鸡DNA条形码，其特征在于：步骤(4)中筛选到的 SNP位点在12S rRNA基因的300～900bp范围内。

5.根据权利要求2所述的科宝肉鸡DNA条形码，其特征在于：步骤(5)中所述的设计引物为12S rRNA-target-F：5’-ACATGTTATCTGCACCAGCT-3’，12S rRNA-target-R：5’-AAATCCTCCTTCTAAGGGCG-3’。