[发明专利]一种特异性接头分子标签及其在预测可变剪切中的应用

说明书

本发明公开了一种特异性接头分子标签及其在预测可变剪切中的应用，包含：核心序列；随机序列(N)_n，N为随机序列，共n个；和反向互补序列；其中核心序列如SEQ ID NO.1/SEQ ID NO.2所示，反向互补序列如SEQ ID NO.3所示。本发明在转座酶包埋复合物上增加特异性接头分子标签，使cDNA片段在不同酶切位点上连接的接头分子标签序列不同，在测序数据拼接时，带相同分子标签的cDNA片段连接在一起，得出转录本序列，检测可变剪接事件。本发明保证了拼接的高度准确性，还原了转录本的真实情况，在拼接的时候即使出现外显子跳跃情况，也能准确进行拼接，从而获得更多的遗传信息，增加可变剪切预测的数量。

技术领域

本发明涉及分子生物学领域，具体涉及一种特异性接头分子标签及其在预测可变剪切中的应用。

背景技术

可变剪切是mRNA前体通过不同的剪接方式产生的剪接异构体，由此产生的不同的mRNA可能被翻译成不同的蛋白质构体，使遗传信息得到放大，因此一个基因可能编码多种蛋白质。可变剪切的原理图如图1所示，其是调节基因表达和产生蛋白质多样性的重要机制，在真核生物基因转录后调控中发挥了关键作用，参与了多种重要的发育过程，如：mRNA产物的降解、肌肉组织分化、人类器官和组织发育等。同时，异常的可变剪切会导致疾病的发生，如：地中海贫血症、囊性纤维化、荷尔蒙缺陷、强制性肌营养不良等复杂疾病。

转录组测序技术(RNA-seq)指利用第二代高通量测序技术进行cDNA测序，全面快速地获取某一特定组织在某种状态下的几乎所有转录本。RNA-seq测序的优势包括：单次测序实验提供全面的转录组信息；无需预先知道任何序列信息；提高了动态检测范围和灵敏度；可提供转录本中序列变异信息。利用基因组和转录组测序来研究转录本可变剪切已经较为普遍，测序平台得到的数据为原始数据，通过对这些数据进行质量剪切(去除接头序列、低质量读段、N端较长序列和长度过短序列)，从而得到高质量的数据，然后通过拼接得到mRNA的碱基信息。

由于转录组较大，而二代测序的读长较短，现有技术对转录组的拼接及可变剪切的预测存在一定的困难。普通转录组测序，在数据拼接的过程中，很容易丢失多种可变剪切。对于一些外显子跳跃的情况，难以准确的预测可变剪切，或者丢失部分信息；不同剪切形式之间可能存在较大的gap，比对结果不够精确。

发明内容

本发明的目的之一在于提供一种特异性接头分子标签。

本发明目的之二在于提供所述特异性接头分子标签的应用。

本发明的目的之三在于提供一种预测可变剪切的方法。

本发明的目的通过下述技术特征实现：

本发明所提供的一种特异性接头分子标签，包含：核心序列；随机序列(N)_n，N为随机序列，共n个；和反向互补序列；其中核心序列如SEQ ID NO.1/SEQ ID NO.2所示，反向互补序列如SEQ ID NO.3所示。

进一步的，本发明所述的特异性接头分子标签，具体序列如下：

退火接头序列P5：TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAG(N)_n

退火接头序列P7：GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAG(N)_n

反向互补序列：CTGTCTCTTATACACATCT

其中，N选自A、T、C、G，优选的，n为3-10，更优选为3-6个。

本发明还提供了所述特异性接头分子标签在RNA建库或者单细胞建库中的应用。

本发明还提供了所述特异性接头分子标签在cDNA打断建库中的应用。