[发明专利]病原体操作组的检测方法、装置、计算机设备和存储介质

说明书

本申请涉及一种病原体操作组的检测方法、装置、计算机设备和存储介质。方法包括：获取样本的测序数据；获取靶点数据库中存储的每个病原体操作组对应的特征靶点序列集合，特征靶点序列集合中包含病原体操作组中的满足预设特异性条件的特异性k‑mer，k‑mer是指长度为k的基因组序列；获取每个病原体操作组对应的特征靶点序列集合中包含的特异性k‑mer在测序数据中的出现次数；选取出现次数超过预设次数阈值的病原体操作组，作为测序数据包含的病原体操作组。通过将测序数据与各个病原体操作组对应的特征靶点序列进行比较从而得到测序数据包含的病原体操作组，减少了比较空间，从而缩短了分析时间，提高了检测的效率。

技术领域

本申请涉及基因检测技术领域和基因序列分析技术领域，特别是涉及一种病原体操作组的检测方法、装置、计算机设备和存储介质。

背景技术

基因测序是一种新型基因检测技术，能够从血液、唾液、组织样本等多种生物样品中检测出样品中所含的各个物种的各个基因组的序列及序列片段，并进而通过对测序数据进行分析的方法，实现发现感染性疾病的感染源、确定遗传性疾病的致病基因、以及预测慢性疾病的发病概率等诊断功能。当前研究人员可通过使用高通量测序和后续对测序数据进行分析的手段来检测出一个样本中所包含的各种物种，包括病原体微生物等。

然而，目前的技术需要将测序数据与已知的所有基因组的全基因序列进行比较，才能获得一个样本中所包含的各种物种、包括病原体的信息，由于这种方法需要将测试数据与已知的所有基因组的全基因序列进行比较，因此会导致检测病原体操作组的效率较低。

发明内容

基于此，有必要针对上述检测效率较低的技术问题，提供一种能够提高检测效率的病原体操作组检测方法、装置、计算机设备和存储介质。

一种病原体操作组的检测方法，方法包括：

获取样本的测序数据；

获取靶点数据库中存储的每个病原体操作组对应的特征靶点序列集合，特征靶点序列集合中包含病原体操作组中的满足预设特异性条件的特异性k-mer，k-mer是指长度为k的基因组序列；

获取每个病原体操作组对应的特征靶点序列集合中包含的特异性k-mer在测序数据中的出现次数；

选取出现次数超过预设次数阈值的病原体操作组，作为所述测序数据包含的病原体操作组。

一种病原体操作组相对浓度的检测方法，方法包括：

获取样本的测序数据，并计算测序数据中出现过的k-mer的出现次数总和CT；

获取全集中包含的病原体操作组中包含的k-mer在测序数据中出现次数GCT；

根据出现次数GCT与出现次数总和CT计算得到全集中包含的病原体操作组在测序数据中的相对浓度。

一种病原体操作组的检测装置，装置包括：

测序数据获取模块，用于获取样本的测序数据；

靶点序列集合获取模块，用于获取靶点数据库中存储的每个病原体操作组对应的特征靶点序列集合，特征靶点序列集合中包含病原体操作组中的满足预设特异性条件的特异性k-mer，k-mer是指长度为k的基因组序列；

特异性k-mer出现次数获取模块，用于获取每个病原体操作组对应的特征靶点序列集合中包含的特异性k-mer在测序数据中的出现次数；

病原体操作组选取模块，用于选取出现次数超过预设次数阈值的病原体操作组，作为所述测序数据包含的病原体操作组。

一种病原体操作组相对浓度的检测装置，装置包括：

测序数据获取模块，用于获取样本的测序数据，并计算测序数据中出现过的k-mer的出现次数总和CT；