[发明专利]一种与牙鲆体色异常关联的SNP分子标记及其应用

说明书

本发明属于水产养殖鱼类辅助育种技术领域，具体涉及一种与牙鲆体色异常关联的SNP分子标记及其应用，SNP分子标记如下：adc‑2677‑C/A，位于基因如SEQ ID NO：1所示碱基序列的2677bp位置，碱基A突变成C，苏氨酸变成组氨酸，正常牙鲆基因型为68.75％AA、31.25％AC和0％CC，黑化牙鲆基因型为0％AA、37.5％AC和62.5％CC，白化牙鲆基因型为14.29％AA、64.29％AC和21.42％CC。本发明从基因角度出发，筛选到与体色异常相关的SNP位点，并将此位点运用在牙鲆育种工作中，从遗传角度根本性解决牙鲆体色异常的问题。

技术领域

本发明属于水产养殖鱼类辅助育种技术领域，涉及SNP分子标记技术，具体涉及一种与牙鲆体色异常关联的SNP分子标记及其应用。

背景技术

牙鲆等比目鱼作为优质的经济海水鱼已在我国北方大量规模化养殖。但经常在比目鱼类人工孵化群体中可以发现个体体色异常的现象，比例也比较高，这已经成为我国乃至世界人工养殖牙鲆面临的一个重大问题，也是亟待解决的问题。

比目鱼体色异常可划分为白化(albinism)和黑化(hypermelanism)两种主要类型，它们分别指的是有眼侧出现白斑即色素细胞或色素减少；黑化指的是无眼侧出现黑斑即色素细胞增加。因白化或黑化区域的不同，使比目鱼类体色异常的类型呈现多样化。其中，比目鱼类的白化又可分为真白化(albino)和假白化(pseudo-albino)。真白化是因为酪氨酸酶基因发生突变所导致的黑色素不能合成所造成的，真白化个体的体表全白，眼睛也因为缺少黑色素颗粒而显红色；假白化是有眼侧色素细胞发育和分化受到影响的结果，假白化个体身体或多或少保留部分体色。近年来有关体色异常的研究很多，比如牙鲆的养殖环境，如光照强度、水流速度，水深、水温、养殖密度等，还有营养因素对牙鲆体色异常的影响，这些研究对于改善牙鲆体色异常现象有一定的效果，但很少有研究是从遗传角度出发解决体色异常问题。

发明内容

本发明的目的在于提供一种与牙鲆体色异常关联的SNP分子标记，SNP即单核苷酸多态性，与生物的很多性状如生长速度、抗病性和抗逆性联系密切，从遗传因素出发，通过与牙鲆体色相关的SNP位点对繁育牙鲆进行育前分子筛查，从种质上降低牙鲆后代体色异常的发生率，解决现有技术中牙鲆体色异常的问题。

本发明的上述目的通过以下技术方案实现：

本发明的与牙鲆体色异常关联的SNP分子标记，具体如下：adc-2677-C/A，位于基因adenylate cyclase type 6-like如SEQ ID NO：1所示碱基序列的2677bp位置，碱基A突变成C，苏氨酸变成组氨酸，正常牙鲆基因型为68.75％AA、31.25％AC、0％CC，黑化牙鲆基因型为0％AA、37.5％AC、62.5％CC，白化牙鲆基因型为14.29％AA、64.29％AC、21.42％CC。

上述与牙鲆体色异常关联的SNP分子标记的筛选方法，包括以下步骤：

(1)分别选择正常牙鲆的正常皮肤、无眼侧体色异常的牙鲆无眼侧正常的白皮肤以及无眼侧体色异常的无眼侧黑皮肤进行基因双向测序，再对测序数据进行SNP分析，初步检测出SNP位点，分析得到在差异表达基因中显著性富集的通路；

(2)在步骤(1)中与体色相关的通路中进行SNP分析，筛选出位于编码区非同义突变的SNP位点；

(3)对牙鲆在步骤(2)得到的SNP位点进行分型；

(4)筛选与牙鲆体色异常关联的SNP位点。

进一步，步骤(1)中，所述差异表达基因中显著性富集的通路的分析方法包括基因注释、差异基因表达分析、差异基因GO富集分析和差异基因KEGG富集分析。

进一步，步骤(3)中，所述SNP位点分型采用的引物如SEQ ID NO：2和SEQ ID NO：3所示。