[发明专利]一种与牙鲆黑化和白化关联的SNP分子标记及其应用

说明书

本发明属于水产养殖鱼类辅助育种技术领域，具体涉及一种与牙鲆黑化和白化关联的SNP分子标记及其应用，SNP分子标记如下：(a)itpr2‑7032‑C/T，位于基因如SEQ ID NO：1所示碱基序列的7032bp位置，碱基T突变成C，异亮氨酸变成缬氨酸，和(b)itpr2‑554‑T/C，位于基因如SEQ ID NO：2所示碱基序列的554bp位置，位于非编码区。本发明从基因角度出发，筛选到与体色异常相关的SNP位点，并将此位点运用在牙鲆育种工作中，从遗传角度根本性解决牙鲆体色异常的问题。

技术领域

本发明属于水产养殖鱼类辅助育种技术领域，涉及SNP分子标记技术，具体涉及一种与牙鲆黑化和白化关联的SNP分子标记及其应用。

背景技术

自90年代初，鲆鲽类引入我国，随后迅速实现了初级工厂化的普及。鲆鲽类养殖不仅掀起了我国海水养殖第四次发展浪潮。2009年，鲆鲽类鱼种成为我国海水鱼类养殖中产量位居第二位的代表性品种，鲆鲽类养殖创造了巨大的社会财富的同时，为提高人们生活品质作出贡献。牙鲆等比目鱼幼鱼也在孵化场成功地以工业规模生产，但孵化场饲养的牙鲆经常在眼睛侧和盲侧出现体色异常，这个问题降低牙鲆的成活率和市场价格，如何避免牙鲆出现体色异常现象是牙鲆养殖业面临的重大问题。牙鲆的体色异常主要分为白化和黑化两种主要类型，近年来针对牙鲆体色异常的研究很多，也取得了一定进展，但是效果有限，都无法从根本上解决牙鲆体色异常现象，比如，通过早期饲喂富含DHA、维生素A、磷脂的轮虫等浮游动物可以有效的减少牙鲆白化的发生率，但是过量的维生素A会增加无眼侧黑化率；还有研究表明养殖池底沙可以有效减少牙鲆黑化率，很多研究证实营养和养殖环境(背景颜色、密度、光强度、水深、水温)对牙鲆的体色异常影响很大，通过改善养殖环境、营养等因素可以在一定程度上减少牙鲆体色异常率，但都是治标不治本，无法从根本上解决人工养殖牙鲆的体色异常现象。

发明内容

本发明的目的在于提供一种与牙鲆黑化和白化关联的SNP分子标记，SNP即单核苷酸多态性，与生物的很多性状如生长速度、抗病性和抗逆性联系密切，从遗传因素出发，通过与牙鲆体色相关的SNP位点对牙鲆亲本的育前排查，建立体色正常的牙鲆家系，从种质上降低牙鲆后代体色异常的发生率，解决现有技术中牙鲆体色异常的问题。

本发明的上述目的通过以下技术方案实现：

本发明的与牙鲆黑化和白化关联的SNP分子标记，具体如下：

(a)itpr2-7032-C/T，位于基因inositol 1,4,5-trisphosphate receptor type2-like如SEQ IDNO：1所示碱基序列的7032bp位置，碱基T突变成C，异亮氨酸变成缬氨酸，正常牙鲆基因型为67.65％TT、14.71％CT和17.63％CC，黑化牙鲆基因型为19.35％CT和80.65％CC，白化牙鲆基因型为12.5％CT和87.5％CC；和

(b)itpr2-554-T/C，位于基因inositol 1,4,5-trisphosphate receptor type2-like如SEQ IDNO：2所示碱基序列的554bp位置，位于非编码区，正常牙鲆基因型为67.65％TT、14.71％CT和17.63％CC，黑化牙鲆基因型为19.35％CT和80.65％CC，白化牙鲆基因型全部为CC。

上述与牙鲆黑化和白化关联的SNP分子标记的筛选方法，包括以下步骤：

(ⅰ)分别选择正常牙鲆的正常皮肤、无眼侧体色异常的牙鲆无眼侧正常的白皮肤以及无眼侧体色异常无眼侧的黑皮肤进行基因双向测序，再对测序数据进行SNP分析，初步检测出SNP位点，分析得到在差异表达基因中显著性富集的通路；

(ⅱ)在步骤(ⅰ)中与体色相关的通路中进行SNP分析，筛选出位于编码区非同义突变的SNP位点；

(ⅲ)对牙鲆在步骤(ⅱ)得到的SNP位点进行分型；

(ⅳ)筛选与牙鲆黑化和白化关联的SNP位点。