[发明专利]一种cfDNA分类方法、装置和用途

权利要求书

1.一种cfDNA分类方法，包括：

计算目标样本中的cfDNA的拷贝数变异数据；

计算目标cfDNA拷贝数变异数据与各分类标签的cfDNA拷贝数变异数据的相似度；

根据所述相似度，利用分类器模型确定所述目标cfDNA所属的分类。

2.根据权利要求1所述的分类方法，其中，确定所述目标cfDNA所属的分类包括：

根据所述相似度，利用随机森林模型确定所述各分类标签的cfDNA拷贝数变异数据与人泌尿生殖系统肿瘤的相关度；

根据所述相关度，利用所述分类器模型确定所述目标cfDNA所属的分类。

3.根据权利要求2所述的分类方法，其中，确定所述各分类标签的cfDNA拷贝数变异数据与人泌尿生殖系统肿瘤的相关度包括：

根据所述相关度，对所述cfDNA拷贝数变异数据进行排序，以形成向量序列；

将所述向量序列输入所述随机森林模型，确定所述分类标签的cfDNA拷贝数变异数据与人泌尿生殖系统肿瘤的相关度。

4.根据权利要求3所述的分类方法，其中，所述人泌尿生殖系统肿瘤为选自前列腺癌、尿路上皮癌和肾癌中的一种或多种；

优选地，所述肾癌为透明肾细胞癌，

优选地，所述尿路上皮癌为上尿路上皮癌和/或膀胱癌，

优选地，所述前列腺癌为前列腺腺癌；

优选地，所述人泌尿生殖系统肿瘤通过对手术样本进行组织活检确诊。

5.根据权利要求3或4所述的分类方法，其中，所述随机森林模型为至少3个随机森林二元分类器，并且选自如下的I－VI组中的任意一组、两组、三组或四组：

I.

正常-vs-肾癌，正常-vs-尿路上皮癌，正常-vs-前列腺癌；

II.

肾癌-vs-正常，肾癌-vs-尿路上皮癌，肾癌-vs-前列腺癌；

III.

尿路上皮癌-vs-正常，尿路上皮癌-vs-肾癌，尿路上皮癌-vs-前列腺癌；

IV.

前列腺癌-vs-正常，前列腺癌-vs-肾癌，前列腺癌-vs-尿路上皮癌。

6.根据权利要求5所述的分类方法，其中，对每个组进行投票，取得票数最高的组对应分类为最终分类，如果得票数相等，则取得票数相等的组中预测概率最高的类别为最终分类(GUdetector)。

7.根据权利要求1至6中任一权利要求所述的分类方法，其中，所述目标样本中的cfDNA的拷贝数变异数据和/或所述各分类标签的cfDNA拷贝数变异数据由尿液样本中的cfDNA的测序数据计算得到；优选地，所述测序数据为全基因组测序数据；优选地，测序深度为1X－5X。

8.根据权利要求1至7中任一权利要求所述的分类方法，其中，所述目标样本中的cfDNA的拷贝数变异数据和/或所述各分类标签的cfDNA拷贝数变异数据按照如下方法计算：

将待测样本的基因组划分为5000－500000个长度相等或者理论模拟拷贝数相等的bin；将测序数据进行归一化处理，并计算得到各个bin对应的reads数的比值A/B，

其中：

A是一个bin中的经GC含量校正后的实际的reads数；

B是该bin里面理论reads数，是将该样本测得的reads总数除以bin的总数；

比值A/B即为拷贝数变异。

9.根据权利要求8所述的分类方法，其中，通过Varbin、CNVnator、ReadDepth或SegSeq，将待测样本的基因组划分为5000－500000个长度相等或者理论模拟拷贝数相等的bin；

和/或

通过Varbin、CNVnator、ReadDepth或SegSeq，计算得到各个bin对应的reads数的比值A/B。

10.根据权利要求7至9中任一权利要求所述的分类方法，其中，所述尿液样本为晨尿；优选地，所述尿液样本为晨尿上清。