[发明专利]遗传变异的非侵入性评估的方法和过程

权利要求书

1.一种用于确定样品是否存在非整倍性的方法，包括：

(a)按照读数密度分布过滤参照基因组的部份，从而提供包括过滤的部份的读数密度的测试样品的读数密度概况，其中，

所述读数密度包括来自妊娠雌性的测试样品的循环无细胞核酸的序列读数，并且

针对多个样品的部份的读数密度确定所述读数密度分布；

(b)按照一个或多个主成分调整测试样品的读数密度概况，所述主成分通过主成分分析获自已知的整倍性样品的组，从而提供包括调整的读数密度的测试样品概况；

(c)将所述测试样品概况与参照概况比较，从而提供比较；并且

(d)按照所述比较确定所述测试样品中是否存在染色体非整倍性。

2.如权利要求1所述的方法，其中，使用微处理器进行(b)中的调整。

3.一种用于确定样品是否存在非整倍性的方法，包括：

将来自怀有胎儿的妊娠雌性的血液的循环无细胞核酸加载测序设备，或将所述核酸的修饰变体加载测序设备，所述测序设备产生对应于所述核酸的核苷酸碱基的信号；

在任选地将所述信号转移至包括一个或多个计算设备的系统之后，由所述系统从所述核酸的信号生成序列读数，其中所述系统中的一个或多个计算设备包括存储器和一个或多个处理器，并且

其中在所述系统中，一个计算设备，或计算设备的组合设置为将所述序列读数映射至参照基因组，并且：

(a)按照读数密度分布过滤参照基因组的部份，从而提供包括过滤的部份的读数密度的测试样品的读数密度概况，其中，

所述读数密度包括来自妊娠雌性的测试样品的循环无细胞核酸的序列读数，并且

针对多个样品的部份的读数密度确定所述读数密度分布；

(b)使用微处理器按照一个或多个主成分调整测试样品的读数密度概况，所述主成分通过主成分分析获自已知的整倍性样品的组，从而提供包括调整的读数密度的测试样品概况；

(c)将所述测试样品概况与参照概况比较，从而提供比较；并且

(d)按照所述比较确定所述测试样品中是否存在染色体非整倍性。

4.如权利要求1、2或3所述的方法，其中在(b)中由1-10个主成分来调整所述读数密度概况。

5.如权利要求1、2或3所述的方法，其中在(b)中由5个主成分来调整所述读数密度概况。

6.如权利要求1-5中任一项所述的方法，其中针对读数密度概况中的一个或多个特征调整所述一个或多个主成分，其特征选自胎儿性别、序列偏好、胎儿分数、与DNA酶I灵敏度相关的偏好、熵、重复序列偏好、染色质结构偏好、聚合酶误差率偏好、回文偏好、插入重复偏好、PCR扩增偏好、和隐藏拷贝数变异。

7.如权利要求6所述的方法，其中序列偏好包括鸟嘌呤和胞嘧啶(GC)偏好。

8.如权利要求1-7中任一项所述的方法，其中所述比较包括确定显著性水平。

9.如权利要求1-8中任一项所述的方法，其中，确定所述显著性水平包括确定p-值。

10.如权利要求1-9中任一项所述的方法，其中，所述参照概况包括获自已知整倍性样品的组的读数密度概况。

11.如权利要求1-10中任一项所述的方法，其中，所述参照概况包括过滤的部份的读数密度。

12.如权利要求1-11中任一项所述的方法，其中，所述参照概况包括按照所述一个或多个主成分调整的读数密度。

13.如权利要求8-12中任一项所述的方法，其中，所述显著性水平表示所述测试样品概况和所述参照概况之间有统计学显著差异，并且确定存在染色体非整倍性。