[发明专利]一种无对照体细胞突变检测方法及装置

说明书

本发明提供一种无对照体细胞突变检测方法，所述方法无需正常组织对照，包括以下步骤：获取待测样本的突变基因位点的检测数据；基于聚类算法对突变基因位点进行相似聚类；注释各亚克隆内各突变基因位点；建立亚克隆预测模型；将各亚克隆内各突变基因位点注释信息输入到所述亚克隆预测模型中，预测各亚克隆属于第一克隆，第二克隆和第三克隆中的哪一类。在肿瘤治疗时，如果没有找到驱动突变而盲目治疗，靶向治疗效果较差，采用本发明可筛选出第一克隆即驱动克隆，进一步的即筛选出驱动突变，有助于根据驱动突变更加有针对性地选择合适的治疗药物和治疗方案，提高肿瘤的治疗效果。

技术领域

本发明涉及一种基因检测领域，特别是涉及一种无对照体细胞突变检测方法及装置。

背景技术

癌症基因组的临床与基础研究的分析的关键步骤是鉴定肿瘤中的体细胞突变。通常采用的方式是通过将肿瘤基因组与源自自体的正常组织的参考基因组序列进行比较来完成。但是，很多情况下，无法取得匹配的正常组织用于比较。例如，回顾性研究中取得的组织标本很多情况下无法获取正常组织对照。同时，临床应用中虽然多数情况下可以同时对对照和肿瘤样本进行测序，但是此种方案会增加相应的实验与分析成本。因此，通过对只有肿瘤组织获取的高通量测序数据进行分析，借助合理的生物统计学模型得到准确的体细胞突变结果一方面将会对临床与基础研究起到促进作用，另一方面将减低实验和分析成本。

对于此种问题，存在类似的技术解决方案，主要基于的原理为体细胞的突变丰度VAF和胚系突变VAF在大多数情况下存在差异。故采用突变丰度VAF对体细胞突变和胚系突变进行分类。但是此方案在肿瘤纯度较高的情况下容易产生假阴性和或假阳性的问题，同时会受到基因扩增等因素的干扰，导致准确性无法进一步提高。

发明内容

鉴于以上所述现有技术的缺点，本发明的目的在于提供一种无对照体细胞突变检测方法及装置，用于解决现有技术中体细胞突变检测准确性差的问题。

为实现上述目的及其他相关目的，本发明第一方面提供一种无对照体细胞突变检测方法，所述方法无需正常组织对照，所述方法包括以下步骤：

S1：获取待测样本的突变基因位点的检测数据；

S2：根据所述突变基因位点的检测数据信息，基于聚类算法对突变基因位点进行相似聚类，即形成亚克隆分层；

S3：注释各亚克隆内各突变基因位点；

S4：建立亚克隆预测模型；

S5：将步骤S3得到的各亚克隆内各突变基因位点注释信息输入到所述亚克隆预测模型中，预测各亚克隆属于第一克隆，第二克隆和第三克隆中的哪一类；所述第一克隆是指肿瘤的驱动克隆，所述第二克隆是指过客克隆，所述第三克隆为不携带体细胞突变的集合。

本发明第二方面提供一种无对照体细胞突变检测装置，所述装置无需正常组织对照，所述装置至少包括：

获取模块，用于获取待测样本的突变基因位点的检测数据；

分层模块，用于根据所述突变基因位点的检测数据信息，基于聚类算法对突变基因位点进行相似聚类，即形成亚克隆分层；

注释模块，用于注释各突变基因位点；

建模模块，用于建立亚克隆预测模型；

预测模块，用于将注释模块得到的各亚克隆内各突变基因位点注释信息输入到所述亚克隆预测模型中，预测各亚克隆属于第一克隆，第二克隆和第三克隆中的哪一类；所述第一克隆是指肿瘤的驱动克隆，所述第二克隆是指过客克隆，所述第三克隆为不携带体细胞突变的集合。

本发明第三方面提供一种计算机可读存储介质，其上存储有计算机程序，该程序被处理器执行时实现前述无对照体细胞突变检测方法。