[发明专利]一种生长相关的分子标记在凡纳滨对虾遗传育种中的应用

说明书

本发明属于水产育种技术领域，具体涉及凡纳滨对虾LvMMD2基因上一个与体重相关的分子标记及其在体重性状育种中的应用。通过整合全基因组关联分析和候选基因关联分析等方法，在LvMMD2基因编码区筛选到的一个标记(LvMMD2‑132‑C/T)与对虾体重呈显著相关(P＝2.42×10^‑8)。该标记位于SEQIDLvMMD2的132bp位置，为C/T型突变，该标记的TT基因型为生长优势基因型。本发明所涉及的标记可以作为生长性状相关分子标记辅助对虾生长性状的遗传选育。

技术领域

本发明属于水产动物育种领域，具体涉及凡纳滨对虾LvMMD2基因上一个与体重相关的分子标记及其在体重性状育种中的应用。

背景技术

凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)，又称南美白对虾(white Pacificshrimp)，是世界最重要的水产养殖品种之一，占据了世界对虾总产量的76％，其养殖区域遍布世界各地。凡纳滨对虾同样也是我国对虾养殖的主导品种，该品种1988年从美国引进我国，自1999年开始在我国大规模养殖，至2013年年产量可达140万吨左右，占我国对虾养殖总产量的80％以上。

随着养殖规模的不断扩大，养殖产业对凡纳滨对虾优良种质的需求日益迫切。在进行对虾优良种质培育时，生长性状既是重要的衡量指标，同时也是最直接的育种目标。然而长期以来，对虾的遗传改良主要依赖于人工选择和基于数量遗传学的传统选育方法，传统遗传选育也存在选育周期长和选择准确性低等问题，难以满足加快遗传改良进展的现实要求。相较于传统遗传选育，分子标记辅助选育具有选育间隔短、准确性和可靠性高等特点，可以明显加快重要经济性状的遗传选育进展。的。

分子标记辅助选育是将分子标记应用于动植物相关性状遗传改良过程中进行辅助选择的一种技术手段，其实质是利用与目的基因紧密连锁的分子标记对个体进行目标区域及全基因组筛选，获得期望的个体，从而提高选育效率和准确率。前期，在对虾中，研究人员通过QTL定位方法定位到了一些与生长相关的QTL位点，如在凡纳滨对虾QTL定位中，也发现了生长相关的QTL位点(Andriantahina F,Liu X,Huang H.Genetic map constructionand quantitative trait locus(QTL)detection of growth-related traits inLitopenaeus vannamei for selective breeding applications.PLoS One,2013,8:e75206)，但是受制于较低的标记密度，并没有定位到与生长直接相关的基因或标记。本发明旨在提供一种与生长性状显著相关的标记，该标记可以用作凡纳滨对虾生长性状的辅助选育。

发明内容

本发明的目的是提供一种与凡纳滨对虾生长相关的分子标记，并应用于对虾生长快品种的分子标记辅助选育。

为实现上述目的，本发明采用技术方案为：

一种位于凡纳滨对虾LvMMD2基因上的与生长相关的分子标记及其在生长性状遗传育种中的应用，其特征在于，(1)提取对虾留种亲本的DNA；(2)使用如下引物LvMMDF：ACAATCGCTTCAACCAACCTG和LvMMDR：TCCTGGGCGTGATCTTCTTT扩增亲本材料DNA；(3)

使用LvMMDF引物对扩增的片段进行测序，获得SEQIDLvMMD2所示的序列，并分析其132bp位置的SNP位点(LvMMD2-132-C/T)的基因型,若测序峰图中LvMMD2-132-C/T位点仅有C峰，则该个体基因型为CC，若为C和T双峰，则该个体基因型为CT，若仅有T峰，则该个体基因型为TT。(4)根据分型结果设计交配策略，制备具有生长优势的TT基因型个体，辅助生长性状的遗传选育。进一步地，与对虾生长相关的分子标记的应用，TT基因型个体生长速度最快，其次是CT型，而TT型个体的生长速度最慢。

在对虾繁育过程中，通过SNP分型方法将该标记分型后，选择TT型个体进行繁育能够辅助生长，从而提高对虾产量。