[发明专利]用于选择性修饰聚合物亚单位以改进基于纳米孔的分析的方法和系统

权利要求书

1.一种检测预分析物核酸聚合物中靶核碱基亚基存在的方法，包括：

(a)产生具有经选择性修饰的靶核碱基亚基的核酸聚合物分析物，包括选择性甲基化预分析物核酸聚合物的靶核碱基亚基；

(b)通过纳米孔将核酸聚合物分析物从第一导电液体介质转移至第二导电液体介质，其中所述纳米孔在第一导电液体介质和第二导电液体介质之间提供液体连通；

(c)当核酸聚合物分析物通过纳米孔时测量第一导电液体介质和第二导电液体介质之间的离子电流，其中所述选择性修饰的靶核碱基亚基产生与对核酸聚合物分析物中的未修饰靶核碱基亚基可以观察到的离子电流可测量地不同的离子电流；和

(d)基于该可测量地不同的离子电流检测核酸聚合物分析物中的经选择性修饰的靶核碱基亚基，其中经选择性修饰的靶核碱基亚基的存在表明在预分析物核酸聚合物中存在靶核碱基亚基。

2.权利要求1的方法，其中产生核酸聚合物分析物还包括选择性地甲基化预分析物核酸聚合物中的相同种类的多个靶核碱基亚基。

3.权利要求1的方法，其中所述核酸聚合物分析物是DNA或RNA；其中所述预分析物核酸聚合物还包含PNA、多肽或其组合。

4.权利要求1的方法，其中所述靶核碱基亚基是胞嘧啶残基、鸟嘌呤残基、胸腺嘧啶残基、腺嘌呤残基或尿嘧啶残基。

5.权利要求1的方法，其中选择性地甲基化所述靶核碱基亚基包括使预分析物核酸聚合物与试剂接触，其中所述试剂能够选择性地甲基化所述预分析物核酸聚合物中的靶核碱基亚基。

6.权利要求1的方法，其中选择性甲基化所述靶核碱基亚基包括用经甲基化的核碱基亚基代替靶核碱基亚基而复制预分析物核酸聚合物。

7.权利要求5-6中任一项的方法，还包括将所述经选择性甲基化的靶核碱基亚基转化为无碱基位点，从而产生所述核酸聚合物分析物。

8.权利要求7的方法，其中将经选择性甲基化的靶核碱基亚基转化为无碱基位点包括使经选择性甲基化的靶核碱基亚基与核酸错误校正酶接触。

9.权利要求1所述的方法，其中步骤(d)包括：

(i)将测量的离子电流与对应于参考核酸聚合物的离子电流进行比较，所述参考核酸聚合物包含与预分析物核酸聚合物相同的序列，其中参考核酸聚合物中的靶核碱基亚基未被修饰；和

(ii)检测在步骤(i)中比较的离子电流的差异的存在或不存在，其中离子电流差异的存在或不存在分别表明所述核酸聚合物分析物中存在或不存在所述经修饰的核碱基亚基。

10.权利要求9的方法，其中参考核酸聚合物由与预分析物核酸聚合物相同的序列组成。

11.权利要求9的方法，还包括通过纳米孔将参考核酸聚合物从第一导电液体介质转运到第二导电液体介质，并测量离子电流以提供对应于参考核酸聚合物的离子电流。

12.权利要求1的方法，还包括基于测量的离子电流的特征确定靶核碱基亚基在预分析物核酸聚合物中的位置。

13.权利要求12的方法，包括确定在与核酸聚合物分析物中经修饰的核碱基亚基的位置相对应的预分析物核酸聚合物中位置处靶核碱基亚基的身份。

14.权利要求1所述的方法，还包括：

对包含共同序列的多个预分析物聚合物进行步骤(a)至(c)；

产生在步骤(c)中测量的多个离子电流的共有图谱；和

检测共同序列中多个经选择性修饰的核碱基亚基的存在。