[发明专利]一种BPDE加合靶蛋白的鉴定方法在审
申请号: | 201910428945.6 | 申请日: | 2019-05-22 |
公开(公告)号: | CN110133136A | 公开(公告)日: | 2019-08-16 |
发明(设计)人: | 郑金平;王丹;吕懿;曹彬;穆箭兵 | 申请(专利权)人: | 山西医科大学 |
主分类号: | G01N30/02 | 分类号: | G01N30/02;G01N30/72 |
代理公司: | 太原科卫专利事务所(普通合伙) 14100 | 代理人: | 张彩琴;李晓娟 |
地址: | 030001 *** | 国省代码: | 山西;14 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 靶蛋白 加合 小分子 蛋白质数据库 全细胞裂解物 质谱分析数据 蛋白裂解物 蛋白酶消化 细胞裂解物 质谱数据库 细胞 纯蛋白质 化学修饰 鉴定领域 色谱分离 样品准备 质谱分析 组织类型 肽段分离 染毒 原有的 质谱仪 下载 质谱 肽段 检索 蛋白 检测 应用 分析 | ||
1.一种BPDE加合靶蛋白的鉴定方法,其特征在于,包括以下步骤:
1)收集细胞及提取蛋白
2)细胞裂解物的染毒及蛋白酶消化
蛋白样品分为两份,其中一份加入BPDE的DMSO溶液,另外一份加入等体积的DMSO溶剂,室温下静置孵育,孵育后的样品分别转入两个PCR管中,分别加入嗜热菌蛋白酶,在37℃条件下进行消化,然后分别加入4℃条件下预冷的蛋白酶抑制剂;
3)质谱前样品准备
加入蛋白酶抑制剂后的样品中分别加入尿素裂解液,4℃条件下离心,收集上清液;然后分别加入二硫苏糖醇,37℃条件下静置;然后冷却至室温后分别加入吲哚乙酸,室温避光下振荡;分别加入碳酸氢铵溶液以及胰蛋白酶,37℃条件下孵育;再分别加入三氟乙酸溶液,终止反应;酶解后的肽段分别使用C18 Cartridge固相萃取柱脱盐,真空冻干,用0.1%甲酸水溶液复溶,肽段浓度测定,以备LC-MS/MS分析;
4)LC-MS/MS分析
取肽段进行色谱分离;肽段分离后用质谱仪进行DDA质谱分析;
5)质谱数据库检索
下载蛋白质数据库,根据质谱分析数据筛选出两份蛋白样品间的差异蛋白,获得BPDE靶蛋白。
2.根据权利要求1所述的一种BPDE加合靶蛋白的鉴定方法,其特征在于,步骤1)包括:收集细胞,加入4℃条件下预冷的PBS缓冲液,然后在液氮中速冻1min,取出后在25℃水浴中摇晃解冻,液氮速冻以及解冻步骤循环4次;然后在20000×g、4℃条件下离心20min,吸取上清液置于新的离心管中,弃去沉淀,即为所提取的蛋白样品。
3.根据权利要求1所述的一种BPDE加合靶蛋白的鉴定方法,其特征在于,步骤1)在提取获得蛋白后,测定蛋白样品中的蛋白质浓度,在步骤2)中加入嗜热菌蛋白酶时按照每10µg蛋白加入1µg嗜热菌蛋白酶的比例。
4.根据权利要求1所述的一种BPDE加合靶蛋白的鉴定方法,其特征在于,步骤3)在收集获得上清液后测定上清液中蛋白样品的浓度,然后加入胰蛋白酶时按照每120µg蛋白加入4µg胰蛋白酶的比例。
5.根据权利要求1所述的一种BPDE加合靶蛋白的鉴定方法,其特征在于,步骤4)的色谱分离采用纳升流速Easy nLC 1200色谱系统进行,其中缓冲液的A液为0.1vol%甲酸溶液,B液为甲酸乙腈水溶液,其中甲酸乙腈的含量为0.1vol%,甲酸与乙腈的体积比为15:85。
6.根据权利要求5所述的一种BPDE加合靶蛋白的鉴定方法,其特征在于,步骤4)的色谱分离时,色谱柱以95%的A液平衡。
7.根据权利要求6所述的一种BPDE加合靶蛋白的鉴定方法,其特征在于,步骤4)的蛋白样品在进行梯度分离时,液相梯度设置为:0min-2min,B液线性梯度从5%-8%;2min-90min,B液线性梯度从8%-23%;90min-100min,B液线性梯度从23%-40%;100min-108min,B液线性梯度从40%-100%;108min-120min,B液维持在100%。
8.根据权利要求1所述的一种BPDE加合靶蛋白的鉴定方法,其特征在于,步骤4)的过程中温度不高于37℃。
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