[发明专利]一种BPDE加合靶蛋白的鉴定方法在审

专利信息
申请号: 201910428945.6 申请日: 2019-05-22
公开(公告)号: CN110133136A 公开(公告)日: 2019-08-16
发明(设计)人: 郑金平;王丹;吕懿;曹彬;穆箭兵 申请(专利权)人: 山西医科大学
主分类号: G01N30/02 分类号: G01N30/02;G01N30/72
代理公司: 太原科卫专利事务所(普通合伙) 14100 代理人: 张彩琴;李晓娟
地址: 030001 *** 国省代码: 山西;14
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摘要:
搜索关键词: 靶蛋白 加合 小分子 蛋白质数据库 全细胞裂解物 质谱分析数据 蛋白裂解物 蛋白酶消化 细胞裂解物 质谱数据库 细胞 纯蛋白质 化学修饰 鉴定领域 色谱分离 样品准备 质谱分析 组织类型 肽段分离 染毒 原有的 质谱仪 下载 质谱 肽段 检索 蛋白 检测 应用 分析
【权利要求书】:

1.一种BPDE加合靶蛋白的鉴定方法,其特征在于,包括以下步骤:

1)收集细胞及提取蛋白

2)细胞裂解物的染毒及蛋白酶消化

蛋白样品分为两份,其中一份加入BPDE的DMSO溶液,另外一份加入等体积的DMSO溶剂,室温下静置孵育,孵育后的样品分别转入两个PCR管中,分别加入嗜热菌蛋白酶,在37℃条件下进行消化,然后分别加入4℃条件下预冷的蛋白酶抑制剂;

3)质谱前样品准备

加入蛋白酶抑制剂后的样品中分别加入尿素裂解液,4℃条件下离心,收集上清液;然后分别加入二硫苏糖醇,37℃条件下静置;然后冷却至室温后分别加入吲哚乙酸,室温避光下振荡;分别加入碳酸氢铵溶液以及胰蛋白酶,37℃条件下孵育;再分别加入三氟乙酸溶液,终止反应;酶解后的肽段分别使用C18 Cartridge固相萃取柱脱盐,真空冻干,用0.1%甲酸水溶液复溶,肽段浓度测定,以备LC-MS/MS分析;

4)LC-MS/MS分析

取肽段进行色谱分离;肽段分离后用质谱仪进行DDA质谱分析;

5)质谱数据库检索

下载蛋白质数据库,根据质谱分析数据筛选出两份蛋白样品间的差异蛋白,获得BPDE靶蛋白。

2.根据权利要求1所述的一种BPDE加合靶蛋白的鉴定方法,其特征在于,步骤1)包括:收集细胞,加入4℃条件下预冷的PBS缓冲液,然后在液氮中速冻1min,取出后在25℃水浴中摇晃解冻,液氮速冻以及解冻步骤循环4次;然后在20000×g、4℃条件下离心20min,吸取上清液置于新的离心管中,弃去沉淀,即为所提取的蛋白样品。

3.根据权利要求1所述的一种BPDE加合靶蛋白的鉴定方法,其特征在于,步骤1)在提取获得蛋白后,测定蛋白样品中的蛋白质浓度,在步骤2)中加入嗜热菌蛋白酶时按照每10µg蛋白加入1µg嗜热菌蛋白酶的比例。

4.根据权利要求1所述的一种BPDE加合靶蛋白的鉴定方法,其特征在于,步骤3)在收集获得上清液后测定上清液中蛋白样品的浓度,然后加入胰蛋白酶时按照每120µg蛋白加入4µg胰蛋白酶的比例。

5.根据权利要求1所述的一种BPDE加合靶蛋白的鉴定方法,其特征在于,步骤4)的色谱分离采用纳升流速Easy nLC 1200色谱系统进行,其中缓冲液的A液为0.1vol%甲酸溶液,B液为甲酸乙腈水溶液,其中甲酸乙腈的含量为0.1vol%,甲酸与乙腈的体积比为15:85。

6.根据权利要求5所述的一种BPDE加合靶蛋白的鉴定方法,其特征在于,步骤4)的色谱分离时,色谱柱以95%的A液平衡。

7.根据权利要求6所述的一种BPDE加合靶蛋白的鉴定方法,其特征在于,步骤4)的蛋白样品在进行梯度分离时,液相梯度设置为:0min-2min,B液线性梯度从5%-8%;2min-90min,B液线性梯度从8%-23%;90min-100min,B液线性梯度从23%-40%;100min-108min,B液线性梯度从40%-100%;108min-120min,B液维持在100%。

8.根据权利要求1所述的一种BPDE加合靶蛋白的鉴定方法,其特征在于,步骤4)的过程中温度不高于37℃。

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