[发明专利]一种用于评估基因测序数据噪声的内参体系及其建立方法

说明书

本发明公开了一种用于评估基因测序数据噪声的内参体系及其建立方法，本发明中重点阐述了两个基因位点(分别是EGFR L858位点和EGFR T790位点)的周边序列及同源序列，并根据两个基因位点的周边序列找到基因组内其他的同源序列；再根据得到的同源序列进行人工合成、扩增等操作，验证同源序列确实存在并可以用作内参体系，再利用扩增产物进行基因测序，作为目标位点EGFR L858与EGFR T790的内参体系。本发明通过确定特定的基因位点的位置和周边序列，以此来寻找基因组内的其他同源序列，再根据这些序列人工合成并扩增，建立对应的内参体系，并通过该内参体系来预估目标位点特异的背景噪声模型，同时可以用于判断这位点特异突变的检测临界值。

技术领域

本发明涉及基因测序技术领域，具体是一种用于评估基因测序数据噪声的内参体系及其建立方法。

背景技术

基因测序是一种新型基因检测技术，能够从血液或唾液中分析测定基因全序列，预测罹患多种疾病的可能性，个体的行为特征及行为合理。基因测序技术能锁定个人病变基因，提前预防和治疗；基因测序相关产品和技术已由实验室研究演变到临床使用，可以说基因测序技术，是下一个改变世界的技术。

基因测序已成为疾病诊断及药物适用性评估的重要工具，特别是那些疾病驱动基因的特定位点的突变，已经在疾病诊断中广泛应用。然而，特定基因位点在测序过程中经常会由于数据噪声问题造成假阳性或假阴性，非常有必要开发相关参照体系来评估测序数据噪声。

现如今，在体外诊断基因检测实践中，样本中(特别是血浆cfDNA)中突变型占比一般较低，由于基因测序深度及测序过程引入错误等因素的限制，使得检测结果的准确性低，测序数量质量差，给我们带来较大的不便。

针对上述情况，我们设计了一种用于评估基因测序数据噪声的内参体系及其建立方法，建立特点基因位点的内参体系，以此来评估测序数据噪声，这是我们亟待解决的问题之一。

发明内容

本发明的目的在于提供一种用于评估基因测序数据噪声的内参体系及其建立方法，以解决现有技术中的问题。

为实现上述目的，本发明提供如下技术方案：

一种用于评估基因测序数据噪声的内参体系，所述内参体系为以特定基因位点建立的内参体系，所述内参体系可用于评估特定基因位点的基因测序数据噪声。

本发明中建立了一种用于评估基因测序数据噪声的内参体系，通过确定特定的基因位点的位置和周边序列，以此来寻找基因组内的其他同源序列，再根据这些序列人工合成并扩增，建立对应的内参体系，该内参体系可用于评估特定基因位点的基因测序数据噪声，并通过该内参体系来预估目标位点特异的背景噪声模型，同时可以用于判断这位点特异突变的检测临界值。

较优化地，所述内参体系为以EGFR L858位点建立的内参体系，所述内参体系包括若干个含EGFR L858同源序列的基因片段，所述含EGFR L858同源序列的基因片段序列分别为SEQ ID NO.2、SEQ ID NO.3。

较优化地，所述含EGFR L858同源序列的基因片段是通过EGFR L858周边序列对比基因组hg 19/GRCh37得到的，所述EGFR L858周边序列为以EGFR L858位点向前后取出6-8bp得到的序列，所述含有EGFR L858周边序列的基因片段的序列为SEQ ID NO.1。

较优化地，所述内参体系为以EGFR T790位点建立的内参体系，所述内参体系包括若干个含EGFR T790同源序列的基因片段，所述含EGFR T790同源序列的基因片段序列分别为SEQ ID NO.5、SEQ ID NO.6、SEQ ID NO.7。