[发明专利]一种绵羊全基因组重测序分析方法

权利要求书

1.一种绵羊全基因组重测序分析方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：

(1)获取绵羊DNA，检测所述DNA的纯度、浓度及体积，对检测合格后的样品进行文库制备和文库质检，对质检合格的文库进行测序，获得绵羊原始测序数据；

(2)对所述绵羊原始测序数据进行数据过滤并评估测序质量，经数据质控合格后获得目标分析序列数据；

(3)将所述目标分析序列数据比对到绵羊参考基因组上，经比对指标质控合格后获得比对上的数据；

(4)检测所述比对上的数据的单核苷酸SNP变异、小片段插入缺失变异InDel及染色体结构变异SV，并进行注释，获得绵羊全基因组测序序列中的SNP数据信息、InDel数据信息和SV数据信息。

2.如权利要求1所述的一种绵羊全基因组重测序分析方法，其特征在于，所述数据过滤的具体过程为：

(1)去除接头污染的序列；其中，序列中接头污染的碱基数大于5bp，对于双端测序，若一端受到接头污染，则去掉两端的序列；

(2)去除低质量的序列；其中，序列中质量值Q≤19的碱基占总碱基的50％以上，对于双端测序，若一端为低质量序列，则会去掉两端的序列；

(3)去除含N比例大于5％的Reads；其中，对于双端测序，若一端含N比例大于5％，则会去掉两端的序列。

3.如权利要求1所述的一种绵羊全基因组重测序分析方法，其特征在于，所述评估测序质量包括评估数据的质量分布信息和数据的碱基分布信息；其中，所述质量分布信息包括统计碱基测序错误率和碱基正确识别率。

4.如权利要求1所述的一种绵羊全基因组重测序分析方法，其特征在于，将所述目标分析序列数据比对到绵羊参考基因组上采用软件BWA；比对率为90.2％-99.1％。

5.如权利要求1所述的一种绵羊全基因组重测序分析方法，其特征在于，所述比对指标质控包括测序深度分布信息；其中，所述测序深度分布信息包括单碱基深度分布信息和累积深度分布信息。

6.如权利要求1所述的一种绵羊全基因组重测序分析方法，其特征在于，所述SNP数据信息是在所述比对上的数据基础上，通过突变分析软件GATK从中提取全基因组中所有的潜在的SNP位点，再根据质量值、深度及重复性做进一步的过滤筛选，最终得到高可信度的SNP数据集，并对其进行注释；然后统计所述数据集中SNP在基因组各区间的分布信息、分析基因组中SNP的杂合比例、统计SNP突变模式的分布信息及统计编码区域的SNP突变功能分类信息。

7.如权利要求1所述的一种绵羊全基因组重测序分析方法，其特征在于，所述InDel数据信息是在所述比对上的数据基础上通过突变分析软件GATK从中提取全基因组中所有的潜在的InDel位点，再根据质量值、深度及重复性做进一步的过滤筛选，最终得到高可信度的InDel数据集，并对其进行注释；然后统计所述数据集中InDel在基因组各区间的分布信息、统计InDel突变模式的分布信息及统计编码区域的InDel突变功能分类信息。

8.如权利要求1所述的一种绵羊全基因组重测序分析方法，其特征在于，所述SV数据信息是在所述比对上的数据基础上通过染色体结构变异分析软件DELLY从中提取全基因组中所有的潜在的SV位点，再根据质量值、深度及重复性做进一步的过滤筛选，最终得到高可信度的SV数据集，并对其进行注释；然后统计所述数据集中SV的变异类型及各类型在基因组各区间的分布信息、统计SV在基因组上的位置分布信息及统计SV的长度分布信息。

9.如权利要求1所述的一种绵羊全基因组重测序分析方法，其特征在于，所述方法包括步骤(5)对所有基因进行功能注释。