[发明专利]通过质谱法表征靶蛋白

权利要求书

1.一种表征靶蛋白的方法，包括以下步骤：

提供参考蛋白的已测定的参考质谱的文库，其中对于一个参考蛋白的酶消化产物，获取各参考质谱，并且对于所有参考蛋白，所述酶消化的条件大致相同；

在用于所述参考蛋白的相同条件下，对所述靶蛋白进行酶消化；

获取酶消化后的靶蛋白的质谱；

确定该质谱和所述参考质谱的强度图案的相似性得分；以及

通过将所述靶蛋白与参考蛋白进行匹配来表征所述靶蛋白，该参考蛋白的参考质谱的相似性得分高于预定阈值。

2.根据权利要求1所述的方法，其中所述酶消化使用胰蛋白酶、IdeS和Lys-C中的至少一种。

3.根据权利要求2所述的方法，其中在所述酶消化之前，通过还原剂并通过变性剂对所述靶蛋白和所述参考蛋白进行相同的变性。

4.根据权利要求1所述的方法，其中所述参考蛋白具有不同的氨基酸序列，所述参考蛋白的酶消化产物包含各自具有相应的参考蛋白的特征质量的消化肽，并且通过与所述参考蛋白之一进行匹配来鉴定所述靶蛋白。

5.根据权利要求1所述的方法，其中通过亲和捕获从复杂的样品混合物中提取所述靶蛋白。

6.根据权利要求1所述的方法，其中所述靶蛋白是生物药剂。

7.根据权利要求6所述的方法，其中所述参考蛋白为所述生物药剂的不同的蛋白质异构体，通过选择性剪接、序列变异、转录后修饰和应力诱导的修饰中的至少一种来形成所述异构体，并且通过与所述参考蛋白之一进行匹配从而将所述靶蛋白鉴定为所述异构体之一。

8.根据权利要求1所述的方法，其中所述靶蛋白是抗体。

9.根据权利要求8所述的方法，其中所述参考蛋白是所述抗体的不同的修饰体，将所述靶蛋白和所述参考蛋白通过酶消化成为结构域，并且通过与所述参考蛋白之一进行匹配从而将所述靶蛋白鉴定为经修饰的。

10.根据权利要求9所述的方法，其中一种参考蛋白是所述抗体，并且通过与该参考蛋白进行匹配从而将所述靶蛋白鉴定为所述抗体。

11.根据权利要求1所述的方法，其中移除存在于大部分已测定的参考质谱中的冗余质量信号，并且在所述确定步骤中提供和/或使用缩减的参考质谱。

12.根据权利要求11所述的方法，其中所述参考蛋白具有不同的氨基酸序列，所述参考蛋白的酶消化产物包含具有相应的参考蛋白的特征质量的消化肽，并且所述缩减的参考质谱仅包括特征质量信号。

13.根据权利要求11所述的方法，其中所述缩减的参考质谱另外包括一些冗余质量信号，所述冗余质量信号基本上存在于所有缩减的参考质谱中，并且所述冗余质量信号的数量少于所述特征质量信号的数量。

14.根据权利要求1所述的方法，其中通过余弦相似性度量或互相关来确定相似性得分。

15.一种表征靶宿主细胞的蛋白质的方法，包括以下步骤：

提供参考宿主细胞的蛋白质的已测定的参考质谱的文库，其中各参考质谱包括消化肽的质量信号，所述消化肽通过一种类型的参考宿主细胞的多种蛋白质的酶消化而生成，并且在所述酶消化之后，通过使用多种亲和剂进行亲和捕获来提取所述消化肽；

在所述参考宿主细胞的蛋白质所使用的相同条件下，对所述靶宿主细胞的蛋白质进行酶消化，然后通过使用所述多种亲和剂进行亲和捕获来提取所述消化肽；

获取所提取的所述靶宿主细胞的消化肽的质谱；

确定该质谱和所述参考质谱的强度图案的相似性得分；以及

通过将所述靶宿主细胞的蛋白质与某种类型的参考宿主细胞进行匹配来表征所述靶宿主细胞，该参考宿主细胞的参考图谱的相似性得分高于预定阈值。