[发明专利]一种NTRK融合基因的检测方法、试剂盒以及探针库

说明书

本发明开发了基于杂交选择而捕获特定NTRK融合基因序列的方法，采用该方法可以获得成几千倍富集的NTRK融合基因DNA片段，该经富集的NTRK融合基因片段样本可以选择性地应用于各种基因检测技术，特别是可以应用下一代测序技术进行基因突变、缺失、增加、和颠换等方面的检测，以取得高效且准确的结果。

技术领域

本发明涉及一种NTRK融合基因的检测方法、试剂盒以及探针库，属于基因测序技术领域。

背景技术

神经营养受体酪氨酸激酶(Neurotrophic Receptor Tyrosine Kinase,NTRK)基因NTRK1、NTRK2和NTRK3分别编码原肌球蛋白受体激酶(Tropomyosin Receptor Kinase,TRK)家族的三种蛋白TRKA、TRKB和TRKC，这些蛋白通常在神经元组织中表达，促进神经细胞发育。这三种蛋白很少在神经组织外表达，但是NTRK基因融合导致的3个TRK受体结构激活被认为是泛癌种的致癌因素。NTRK基因融合(NTRK基因家族成员NTRK1、NTRK2、NTRK3与另一个不相关基因融合)是一类导致嵌合TRK融合蛋白持续激活的基因变异，在多种实体肿瘤中有检测到此类融合，发生此类基因融合的肿瘤细胞，其融合蛋白可作为致癌驱动因子促进肿瘤细胞的增殖和存活。TRK家族蛋白是酪氨酸激酶，如果能抑制激酶活性，就能抑制癌症生长。目前NTRK抑制剂Larotrectinib已获得FDA批准上市，针对NTRK融合的晚期实体瘤患者，这也是第一个泛癌种靶向药物，不限癌种，只针对特定基因变异。FDA批准Larotrectinib是基于3个多中心研究合并数据(LOXO-TRK-14001、SCOUT和NAVIGATE)，分别使用高通量测序技术(Next Generation Sequencing，NGS)和FISH进行NTRK基因状态的检测，总缓解率ORR达75％，其中22％的患者完全缓解，53％的患者部分缓解。

据统计，NTRK基因融合在成人肿瘤和儿童肿瘤中均有发生，发生频率分别约为0.31％和0.34％，其中常见癌症类型如软组织肉瘤、唾液腺癌、肺癌、甲状腺癌、结肠癌、婴儿纤维肉瘤、黑色素瘤等等。2018年ESMO大会上公布的一项研究发现大约0.3％的中国实体瘤患者中存在NTRK基因融合，且NTRK基因融合更常见于非小细胞肺癌(0.3％)和结直肠癌(1.4％)。2018年中国肿瘤学大会上，世和基因汪笑男博士公布了一项中国实体瘤大样本统计数据，数据显示NTRK1基因融合的伴侣基因非常多样，其中TPM3基因占21％，基因间隔区占20％，IRF2BP2基因占13％、LMNA基因占13％，TPR基因占13％等。

基于NGS检测NTRK融合相比于FISH等传统检测手段的检测优势在于，NGS技术不仅可以检测组织样本中的NTRK融合，同时可以通过血浆和胸水等液体样本检测NTRK融合状态；此外，NGS技术检测灵敏度也远高于目前传统检测技术，可以检出1％以下的NTRK融合；除了可以检测常见NTRK融合类型外，NGS技术还可以检测罕见NTRK融合类型；同时NGS相比于传统检测手段，还会可以明确融合伴侣基因，并能检测到许多其他的NTRK基因变异类型，辅助临床靶向治疗方案的制定。

发明内容

本发明的目的是：提供一种用于检测NTRK融合基因的探针库，利用本发明的探针库可以较好地检测到NTRK家族的融合基因，应用于二代测序过程中，能够具有高覆盖率、测序深度均一性好、灵敏度高的优点。

一种NTRK家族的融合基因突变的探针库，其中包括有核苷酸序列如SEQ ID NO.1～163所示的任意一条探针，或者与其具有相同功能的探针。

优选的：探针库中包括上述的全部探针。

优选的：所述的具有相同功能的探针，是指将SEQ ID NO.1～163任意一条探针经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且具有相同杂交捕获功能的探针。

优选的：所述的具有相同功能的探针与原探针具有80％以上相同的碱基，更优选是90％以上相同碱基，再优选是95％以上相同碱基。