[发明专利]一种肿瘤个体化疫苗的有效新抗原肽的快速筛选方法

权利要求书

1.一种肿瘤个体化疫苗的抗原肽筛选方法，所述筛选的步骤包括：

a)获取同一患者的肿瘤细胞与正常细胞；

b)对所述肿瘤细胞进行全外显子基因测序，得到所述患者的肿瘤全外显子数据集，对所述正常细胞进行全外显子基因测序，得到所述患者的正常全外显子数据集；

c)对比所述肿瘤全外显子数据集与所述正常全外显子数据集，得到所述患者的所述肿瘤全外显子数据集中特有的外显子数据，形成所述患者的突变全外显子数据集；将所述正常全外显子数据集与所述突变全外显子数据集对应的外显子的集合称作对照全外显子数据集；

d)对比所述突变全外显子数据集与正常人群SNP数据库，得到所述正常人群SNP数据库中不存在的所述突变全外显子数据集的子数据集，形成所述患者的突变外显子数据集；将所述突变外显子数据集翻译成肽，形成突变抗原肽数据集；将所述对照全外显子数据集中与所述突变外显子数据集对应的所有外显子翻译成肽，形成对照野生抗原肽数据集；

e)针对所述突变抗原肽数据集中每一条突变多肽，将所述对照抗原肽数据集中对应的多肽称作对照多肽，比较所述突变多肽的MHC I亲合力与所述对照多肽的MHCI亲合力，得到所述突变多肽的MHCI类分子亲和力变化度得分，得到亲和力变化度得分数据集；

f)计算所述患者外周血淋巴细胞总数变化度，依据淋巴细胞总数变化度与高T细胞活性的突变抗原肽MHCI亲合力变化度得分的关系，确定高T细胞活性的突变抗原肽MHCI亲合力变化度区间；

g)将所述患者处于所述变化度区间的突变抗原肽筛选为对所述患者免疫有效的突变抗原肽，称作新抗原肽，供个体化疫苗制备；

其中，步骤f)为：患者外周血淋巴细胞总数变化度是通过ELISPOT方法进行的，淋巴细胞存留度为100％时，选取HLA亲和力变化度在0.4-4区间的新抗原肽。

2.如权利要求1所述的筛选方法，其特征在于：所述筛选的步骤还包括：所述肿瘤选自肺癌、胃癌、结肠癌、恶黑及肉瘤。

3.如权利要求1所述的筛选方法，其特征在于，步骤c)是通过BWA软件实现的；和/或

步骤d)是采用GATK和VarScan软件联合实现的；和/或

步骤e)中，基于抗原肽的MHCI分子结合属性与结合解离半衰期，用BIMAS程序和NetCTL软件预测抗原肽与MHCI分子结合的新抗原肽：通过肽池测序法获得大量的与某一MHCI类分子结合的多肽的解离半衰期，建立半衰期矩阵，比较各肽段的预测分值，按得分高低列出所有可能作为CTL表位的新抗原肽，即得新抗原肽库。

4.如权利要求1所述的筛选方法，其特征在于，步骤e)为：

根据多肽序列从网站查询各突变多肽的MHCI类分子亲和力分除以于所述突变多肽对应的对照多肽的MHCI类分子亲和力分，等于所述突变多肽的MHCI类分子亲和力变化度得分，网址为：http://www.cbs.dtu.dk/services/NetMHC/。