[发明专利]一种用于BRCA1和BRCA2基因扩增子测序检测的引物组及其应用

说明书

本发明提供了一种用于BRCA1和BRCA2基因扩增子测序检测的引物组及其应用，所述引物组包括两套PCR引物，第一套PCR引物为靶区域多重PCR扩增引物，包括如SEQ ID NO.1‑234所示的核苷酸序列，第二套引物为测序接头引物。通过本发明提供的引物组可以实现99％以上的捕获覆盖率和90％以上的均一性。

技术领域

本发明属于生物技术领域，涉及一种用于BRCA1和BRCA2基因扩增子测序检测的引物组及其应用。

背景技术

BRCA1和BRCA2基因与遗传性乳腺癌相关，是两种具有抑制恶性肿瘤发生的基因，在调节人体细胞的复制、遗传复制DNA损伤修复、细胞的正常生长方面有重要作用，如果BRCA1和BRCA2基因的结构发生了某些改变，那么它所具有的肿瘤抑制功能就会受损，2013年已发现的突变有数百种之多，拥有这两个基因突变的家族倾向于具有高乳腺癌发生率，通常发生在较年轻时，病人的两侧乳房都确癌，同时患有卵巢癌。

BRCA1/2的突变主要分为两种。第一种是单个碱基的突变或少量碱基的缺失和插入，可以造成氨基酸序列的改变，翻译提前终止，或信使RNA加工的异常，进而影响蛋白的功能。第二种是大片段DNA重组，可以造成一个或多个外显子的缺失或重复，从而扰乱基因功能。这两种突变中，第一种占大部分，并且可通过基因片段PCR扩增和Sanger测序相结合的常规方法进行检测。第二种占少部分，需要通过Southern杂交，MLPA(multiplex ligation-dependent probe amplification)，定量PCR或CGH(comparative genomichybridization)等较为复杂的方法来检测。第二代高通量测序技术也被运用到了BRCA1/2突变的检测中。通过高通量测序，两种类型的突变可以被同时检测。但是，利用二代测序技术进行大片段DNA重组的检测，对基因组目的区域的富集方式、测序深度和信息分析等都有特定的要求，对于很多实验室现有的检测平台来说都是非常大的挑战。所以，一种快速有效的BRCA1/2大片段重组检测技术，无论是作为独立的大片段重组检测项目，还是作为常规点突变检测的补充，都有非常重要的应用价值。

CN104531862A公开了一种检测人类BRCA1和BRCA2基因全外显子序列突变位点的方法和引物。所述特异性引物包括扩增覆盖BRCA1基因全部24个外显子的正、反向引物和扩增覆盖BRCA2基因全部27个外显子突的正、反向引物。该发明采用Sanger测序法检测BRCA1和BRCA2基因全外显子的突变，可以扩展整个BRCA1和BRCA2基因全外显子，覆盖待检测的所有突变位点。

CN105586427A公开了检测人类BRCA1和BRCA2基因突变的引物、试剂盒及方法。97对扩增引物，其中上游引物5’端加上通用引物Tag1；下游引物为5’端加上通用引物Tag2；还包括12对测序引物，其中上游引物带有P5序列；下游引物带有P7序列。能快速、准确、简便地检测BRCA1和BRCA2基因全外显子及其与内含子连接区和非翻译区和启动子区突变。

CN109402257A公开了一种用于人类BRCA1和BRCA2基因全编码序列突变位点检测的引物、方法和试剂盒。所述引物包括扩增覆盖BRCA1基因全部24个编码区的正、反向引物；扩增覆盖BRCA2基因全部27个外显子编码区的正、反向引物。所述基于NGS技术的检测方法包括：特异性引物与目标模板DNA序列结合、通用引物扩增待测样本目标区域，磁珠纯化文库，对得到的文库进行高通量测序并分析BRCA1和BRCA2基因的突变。

因此，提供一种针对BRCA1和BRCA2基因的突变应用灵活、价格低廉、分析简单，具有超高的测序深度，全面覆盖所有突变位点的测序引物及方法具有重要意义。

发明内容

针对现有技术的不足及实际的需求，本发明提供一种用于BRCA1和BRCA2基因扩增子测序检测的引物组及其应用，本发明首先利用多重PCR扩增、富集样品基因组中目标区域的DNA片段，再进行文库构建和高通量测序，最终实现低成本、高通量、高覆盖率和均一性的BRCA基因突变检测。