[发明专利]一种与小麦每穗小穗数相关的SNP位点及其应用

说明书

本发明公开了一种与小麦每穗小穗数相关的SNP位点及其应用。本发明通过对小麦自然变异群体中WFZP‑A基因启动子区的遗传变异分析，发现有一个SNP，对应于序列表1自5’末端第1501位，该SNP存在两种基因型：基因型甲(A)、基因型乙(G)。通过关联分析证明，这两种基因型的纯合类型中，每穗小穗数大小为：基因型甲纯合的小麦基因型乙纯合的小麦。本发明还提供了检测所述SNP的dCAPS标记。实验证明，通过检测所述该SNP，即可找到每穗小穗数较高的小麦。本发明为小麦的分子标记辅助选择育种提供了一个新方法，在培育高产小麦品种或研究中具有重要意义。

技术领域

本发明属于分子生物学技术领域，具体涉及一种与小麦每穗小穗数相关的SNP位点及其应用。

背景技术

小麦(Triticum aestivum L)是世界和我国最主要的粮食作物之一。提升小麦单产是满足今年来粮食需求不断提高的重要方式，同时也是保证粮食安全的战略目标。每穗粒数是小麦单株产量构成的三大要素之一，而每穗小穗数则是每穗粒数的关键影响因素。因此，挖掘调控每穗小穗数的优异等位变异并开发功能标记在小麦穗粒数改良和小麦高产育种中具有重要的应用价值。

目前，研究者已经定位了大量调控每穗小穗数的QTL。Liu等利用近等基因系在1D、2D、3D、5A、5B和5D上检测到小穗数QTL。Li等利用“Chuang35050×Shangnong483”RIL群体在5D染色体上检测到一个贡献率高达51.79％的控制每穗小穗数的主效QTL。Sourdille等在六倍体小麦的2AS、5AL和2BS上检测到了每穗小穗数QTL。Kato等检测到了4个位于5A染色体上的每穗小穗数QTL，其中效应最大的QTL在春化基因Vrn-A1区域。Wang等在“Line3228×Jing”组配的F2:3群体中检测到大量控制每穗小穗数的QTL，分别位于1AS、1AL、4AL、4DL、5AL、5BS、6AL、6DL、7BL和7DL上。Manickavelu利用重组自交系群体在2A、2B和4D染色体上分别检测到了3个、2个和1个控制每穗小穗数的QTL。张坤普等利用双单倍体群体检测到控制每穗小穗数的4个加性QTL，分别位于1B、4A、5D和7A染色体上，还检测到位于染色体2A-2B上的1对上位性QTL。

尽管目前已经定位了如此大量的与小麦每穗小穗数相关的QTL。但是，由于绝大多数这些QTL的表型贡献率较小，且在不同年际及环境间重复性差，所以这些QTL难以应用于小麦每穗小穗数的遗传改良。

WFZP是小麦中已经克隆的一个调控穗型的基因，在小麦基因组中存在三个拷贝：WFZP-A、WFZP-B、WFZP-D。本发明针对其中WFZP-A的启动子区域，开发设计了一种用于鉴定小麦每穗小穗数的引物及相关分子标记。

发明内容

本发明的目的旨在提供一种与小麦每穗小穗数相关的SNP分子标记及其应用。

本发明具体通过以下技术方案实现：

一种与小麦每穗小穗数相关的SNP位点，所述的SNP位点对应于SEQ ID NO.1所示序列自5’末端第1501位碱基。当该位点为A/A纯合时，相对应的基因型是甲，当该位点为G/G纯合时，相对应的基因型是乙。

在本发明的另一方面，还提供了一种利用上述SNP位点鉴定或辅助鉴定小麦基因型的方法，包括对待测小麦基因组DNA中任意一段包括所述SNP位点在内的DNA片段进行PCR扩增，并将该PCR扩增产物进行酶切鉴定的步骤。

所述的PCR扩增的DNA片段为SEQ ID NO.1中5’末端1367-1525bp。

所述的PCR扩增的特异性引物对为SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.3组成的引物对1F和1R，SEQ ID NO.4和SEQ ID NO.5组成的引物对2F和2R。