[发明专利]肉用西门塔尔牛6号染色体上与后腱子、和尚头重相关的SNP位点及应用

说明书

本发明提供了肉用西门塔尔牛6号染色体上与后腱子、和尚头重相关的SNP位点及应用，所述SNP标记的位点为国际牛参考基因组UMD3.1版本6号染色体上第38576012个核苷酸位点，该位点的碱基是A或G。本发明通过优选该SNP的优势等位基因，能够逐代增加优势等位基因频率，同时提高肉用西门塔尔牛的后腱子、和尚头肉重，加快牛遗传改良进展从而有效提高肉牛育种的经济效益。

技术领域

本发明涉及肉用西门塔尔牛6号染色体上与后腱子、和尚头重相关的SNP位点及其用途。

背景技术

近年来，随着人民生活水平的提高，对高品质牛肉消费的需求也在快速增长。肉用西门塔尔牛作为中国主要的牛肉消费贡献群体，占中国肉牛存栏比例的50％以上。因此，提高肉用西门塔尔牛牛肉产量对满足国内牛肉消费市场的的需求具有重要意义。牛腱子肉，是牛大腿部的肌肉，包括前腱子和后腱子。因其硬度适中，纹路规则，是制作卤味佳品，饱受消费者喜爱。牛霖，是位于牛膝盖部位的嫩肉，自然形状为圆形，因此又被称为“和尚头”。腱子肉和“和尚头”因其独特的肉质特点，市场消费需求巨大，因此提高其产量不仅能满足人们的消费需求，更能为肉牛养殖带来巨大的经济效益。而腱子肉和“和尚头”重的表型不易直接观测，仅能在牛屠宰后进行称量，因此采用常规育种方法难以快速实现预期的育种目标。而利用分子生物学的方法，通过先找到同时影响肉牛腱子肉重和“和尚头”重的DNA分子标记，进而筛选优势等位基因用于性状改良，则有望提高二者的产量，从而提高牛肉的生长性能，加快目标性状的遗传改良进展。

过去，人们通过候选基因法(Candidate gene approach)和QTL定位(QTLMapping)进行QTL检测。候选基因法虽然具有方法简单、操作方便等优点，但只能针对生物学功能已知的基因；而QTL定位方法所鉴定的候选位置基因的置信区域同样较大，这极大地限制了复杂性状分子标记在家畜遗传育种中的应用。随着高通量测序技术的发展及全基因组芯片的出现，使得全基因组关联分析(Genome-wide Association Study，GWAS)在复杂性状遗传解析中效果显著，也打破了牛胴体相关性状分子标记鉴别的瓶颈。

发明内容

为了实现上述目标，本发明的首要目的在于提供牛6号染色体上与肉用西门塔尔牛后腱子、和尚头重相关的SNP位点，所述分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示，其中序列中的M是A或G，导致牛后腱子、和尚头重量的不同。

所述分子标记位于肉用西门塔尔牛的6号染色体上的核苷酸序列上，所述分子标记的SNP位点为SEQ IDNO：1序列标注位置为213位的A213-G213的核苷酸突变；所述的分子标记的SNP位点对应于国际牛基因组UMD3.1版本参考序列6号染色体上第38576012位A＞G突变。

本发明的另一目的在于提供上述的分子标记在筛选高后腱子、和尚头重的牛个体的方法，具体为，检测牛6号染色体上权利要求1所述的分子标记，所述分子标记的5’端第213位单核苷酸是A还是G，淘汰G保留A。具体体现在所述牛选自内蒙古锡林郭勒盟乌拉盖管理区牧场的肉用西门塔尔牛资源群体。

本发明的另一目的在于提供一种用于鉴定上述影响牛后腱子、和尚头重的分子标记的引物对，所述引物对的核酸序列如下所示：

正向引物序列如SEQ ID NO：2所示；

反向引物序列如SEQ ID NO：3所示。

上述的引物对在鉴定影响牛后腱子、和尚头重中的应用。

上述的引物对在牛基因组选择中的应用。

上述的引物对在提高牛后腱子、和尚头重中的应用。