[发明专利]一种基于病原宏基因二代测序的解读方法

说明书

本发明公开了一种基于病原宏基因二代测序的解读方法，包括：大量检出序列符合以下至少1条：覆盖度：种水平为其它任何种的10倍以上；丰度：占60％以上；序列数：在总序列数的值正常的情况下，SMRN或SDMRN超过1万；中量检出序列符合以下至少1条：覆盖度：种水平为其它任何种的4‑10倍；丰度：占40％‑60％；序列数：在总序列数的值正常的情况下，SMRN或SDMRN：5千～1万；少量或极少量检出序列符合以下至少1条：定植与致病无法区分；不是此类标本的常见背景菌，或不符合背景菌的一般特点。本发明结论较为客观，可随时根据标准进行解读，具有临床实用性及客观性，报告结论可直接用于临床实践。

技术领域

本发明属于基因测序技术领域，尤其涉及一种基于病原宏基因二代测序的解读方法。

背景技术

近两年来国内外新出现的病原宏基因二代测序检测方法，基本的实验流程质量尚可控，但是最终的生信数据解读无统一标准，检测公司技术人员因无法结合临床一线的患者数据，导致数据解读主观因素较大，业内无统一标准，使得此技术的报告准确性较低，临床实用性较差，严重影响了此技术的改进及推广。

发明内容

有鉴于此，本发明的目的是提供一种基于病原宏基因二代测序的解读方法，以解决现有技术中的不足。

为了达到上述目的，本发明的目的是通过下述技术方案实现的：

提供一种基于病原宏基因二代测序的解读方法，其中，包括：

-大量检出序列符合以下至少1条：

关于覆盖度：种水平为其它任何种的10倍以上；

关于丰度：占60％以上；

关于序列数：在总序列数的值正常的情况下，SMRN或SDMRN超过1万；

-中量检出序列符合以下至少1条：

关于覆盖度：种水平为其它任何种的4-10倍；

关于丰度：占40％-60％；

关于序列数：在总序列数的值正常的情况下，SMRN或SDMRN：5千～1万；

-少量或极少量检出序列符合以下至少1条：

定植与致病无法区分；

不是此类标本的常见背景菌，或不符合背景菌的一般特点。

上述基于病原宏基因二代测序的解读方法，其中：

在少量或极少量检出序列不是此类标本的常见背景菌，或不符合背景菌的一般特点的情况下，包括：

检出结核杆菌复合群：检出SMRN或SMRNG至少1条；

检出可疑结核杆菌复合群：检出MRN至少1条，SMRN或SMRNG为0；

分枝杆菌属排名或诺卡菌属排名：检出SMRN或SMRNG至少1条，属排名50以内。

上述基于病原宏基因二代测序的解读方法，其中，还包括：

-关于真菌列表：阈值相对低一级；

-关于病毒列表：

呼吸道标本：SMRN或SDSMRN不足100，不报或少量序列；100～1000，中量序列；超过1000，大量序列；

全血标本：SMRN或SDSMRN超过10，阈值相对低一级；

其它标本：同全血标本；

在SMRNG排序后人工审核是否出现不常见的非背景菌。

本发明技术方案的有益效果是：