[发明专利]用于类风湿关节炎炎症状态评估及预后评价的肠道微生物菌群有效
申请号: | 201910626459.5 | 申请日: | 2019-07-11 |
公开(公告)号: | CN110283754B | 公开(公告)日: | 2021-02-02 |
发明(设计)人: | 楚亚男;康禹;孟庆仁;于军;石兴;邵长君;王建;陈婧 | 申请(专利权)人: | 中国科学院北京基因组研究所 |
主分类号: | C12N1/20 | 分类号: | C12N1/20;C12Q1/689;C12Q1/06;C12R1/145;C12R1/025;C12R1/38;C12R1/05;C12R1/20;C12R1/065 |
代理公司: | 北京路浩知识产权代理有限公司 11002 | 代理人: | 黄爽 |
地址: | 100101 *** | 国省代码: | 北京;11 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 用于 类风湿 关节炎 炎症 状态 评估 预后 评价 肠道 微生物 | ||
1.用于类风湿关节炎炎症状态评估及预后评价的标志物,其特征在于,所述标志物为机体肠道中的肠道产丁酸菌与肠道非发酵菌;
肠道产丁酸菌与肠道非发酵菌的总丰度比值≤12.584,表明类风湿关节炎有加重风险;
其中,所述肠道产丁酸菌由12个产丁酸菌菌属的微生物组成,所述肠道非发酵菌由33个非发酵菌菌属的微生物组成;
所述12个产丁酸菌菌属为Anaerostipes,Acetobacterium,Clostridium,Fusobacterium,Megasphaera,Treponema,Brachyspira,Filifactor,Butyrivibrio,Peptoniphilus,Anaerotignum和Roseburia;所述33个非发酵菌菌属为Achromobacter,Burkholderia,Pseudomonas,Ralstonia,Robiginitalea,Stenotrophomonas,Tenacibaculum,Ornithobacterium,Cupriavidus,Delftia,Sphingomonas,Variovorax,Alcaligenes,Gramella,Zobellia,Curvibacter,Gilvibacter,Limnohabitans,Alicycliphilus,Bordetella,Roseomonas,Polaribacter,Paraburkholderia,Rhodoferax,Hydrogenophaga,Flavobacterium,Capnocytophaga,Azotobacter,Nonlabens,Ramlibacter,Brevundimonas,Castellaniella和Comamonas。
2.根据权利要求1所述的标志物,其特征在于,所述Anaerostipes包括Anaerostipeshadrus,Anaerostipes caccae;
所述Acetobacterium包括Acetobacterium woodii;
所述Clostridium包括Clostridium acetobutylicum,Clostridium beijerinckii,Clostridium botulinum,Clostridium butyricum,Clostridium carboxidivorans,Clostridium cellulovorans,Clostridium difficile,Clostridium kluyveri,Clostridium perfringens,Clostridium saccharobutylicum,Clostridiumsaccharoperbutylacetonicum,Clostridium sporogenes,Clostridium sticklandii,Clostridium symbiosum,Clostridium tetani;
所述Fusobacterium包括Fusobacterium gonidiaformans,Fusobacteriummortiferum,Fusobacterium nucleatum,Fusobacterium periodonticum,Fusobacterium ulcerans,Fusobacterium varium;
所述Megasphaera包括Megasphaera elsdenii,Megasphaera genomcsp,Megasphaeramicronuciformis;
所述Treponema包括Treponema phagedenis,Treponema vincentii;
所述Brachyspira包括Brachyspira hyodysenteriae,Brachyspira murdochii,Brachyspira pilosicoli;
所述Filifactor包括Filifactor alocis;
所述Butyrivibrio包括Butyrivibrio crossotus,Butyrivibrio fibrisolvens,Butyrivibrio proteoclasticus;
所述Peptoniphilus包括Peptoniphilus duerdenii,Peptoniphilus harei,Peptoniphilus lacrimalis;
所述Anaerotignum包括Anaerotignum propionicum;
所述Roseburia包括Roseburia hominis,Roseburia intestinalis,Roseburiainulinivorans;
所述Achromobacter包括Achromobacter denitrificans,Achromobacterxylosoxidans;
所述Burkholderia包括Burkholderia cenocepacia,Burkholderia gladioli,Burkholderia lata,Burkholderia metallica,Burkholderia multivorans,Burkholderia oklahomensis,Burkholderia pseudomallei,Burkholderialesbacterium;
所述Pseudomonas包括Pseudomonas aeruginosa,Pseudomonas alcaligenes,Pseudomonas antarctica,Pseudomonas azotoformans,Pseudomonas brassicacearum,Pseudomonas brenneri,Pseudomonas chlororaphis,Pseudomonas cichorii,Pseudomonas citronellolis,Pseudomonas cremoricolorata,Pseudomonasextremaustralis,Pseudomonas fluorescens,Pseudomonas fragi,Pseudomonasknackmussii,Pseudomonas koreensis,Pseudomonas mendocina,Pseudomonas mosselii,Pseudomonas oryzihabitans,Pseudomonas parafulva,Pseudomonas poae,Pseudomonaspseudoalcaligenes,Pseudomonas psychrophila,Pseudomonas psychrotolerans,Pseudomonas putida,Pseudomonas resinovorans,Pseudomonas rhodesiae,Pseudomonassabulinigri,Pseudomonas stutzeri,Pseudomonas synxantha,Pseudomonas syringae,Pseudomonas tolaasii,Pseudomonas trivialis,Pseudomonas veronii,Pseudomonasversuta,Pseudomonas viridiflava,Pseudomonas xinjiangensis;
所述Ralstonia包括Ralstonia insidiosa,Ralstonia mannitolilytica,Ralstoniapickettii,Ralstonia solanacearum;
所述Robiginitalea包括Robiginitalea biformata;
所述Stenotrophomonas包括Stenotrophomonas acidaminiphila,Stenotrophomonasmaltophilia,Stenotrophomonas rhizophila;
所述Tenacibaculum包括Tenacibaculum dicentrarchi,Tenacibaculum jejuense;
所述Ornithobacterium包括Ornithobacterium rhinotracheale;
所述Cupriavidus包括Cupriavidus gilardii,Cupriavidus metallidurans,Cupriavidus necator,Cupriavidus pinatubonensis,Cupriavidus taiwanensis;
所述Delftia包括Delftia acidovorans,Delftia tsuruhatensis;
所述Sphingomonas包括Sphingomonas panacis,Sphingomonas taxi;
所述Variovorax包括Variovorax paradoxus,Variovorax boronicumulans;
所述Alcaligenes包括Alcaligenes faecalis;
所述Zobellia包括Zobellia galactanivorans;
所述Alicycliphilus包括Alicycliphilus denitrificans;
所述Bordetella包括Bordetella bronchialis,Bordetella genomosp.13,Bordetella genomosp.9,Bordetella hinzii,Bordetella holmesii,Bordetellapetrii,Bordetella pseudohinzii;
所述Roseomonas包括Roseomonas gilardii;
所述Paraburkholderia包括Paraburkholderia caribensis,Paraburkholderiaphymatum,Paraburkholderia sprentiae,Paraburkholderia xenovorans;
所述Rhodoferax包括Rhodoferax antarcticus,Rhodoferax ferrireducens,Rhodoferax saidenbachensis;
所述Hydrogenophaga包括Hydrogenophaga crassostreae;
所述Flavobacterium包括Flavobacterium columnare,Flavobacterium johnsoniae;
所述Capnocytophaga包括Capnocytophaga haemolytica,Capnocytophagaleadbetteri,Capnocytophaga sputigena,Capnocytophaga stomatis;
所述Azotobacter包括Azotobacter chroococcum,Azotobacter vinelandii;
所述Nonlabens包括Nonlabens spongiae;
所述Ramlibacter包括Ramlibacter tataouinensis;
所述Brevundimonas包括Brevundimonas diminuta,Brevundimonasnaejangsanensis,Brevundimonas subvibrioides,Brevundimonas vesicularis;
所述Castellaniella包括Castellaniella defragrans;
所述Comamonas包括Comamonas aquatica,Comamonas kerstersii,Comamonasserinivorans,Comamonas testosteroni。
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