[发明专利]一种检测人IDH1基因突变的引物和探针、试剂盒和装置

说明书

本发明涉及基因突变检测领域，具体讲，涉及一种检测人IDH1基因突变引物和探针、试剂盒和装置。本发明的IDH1突变检测探针包含突变的5种类型，一个反应孔即可检测5种类型，并且检测复杂背景下的靶标序列灵敏度可达0.001％，即突变基因组DNA达到总DNA的0.001％即可检出。

技术领域

本申请涉及基因突变检测领域，具体讲，涉及一种检测人IDH1基因突变的引物和探针、试剂盒和装置。

背景技术

异柠檬酸脱氢酶(isocitrate dehydrogenase，IDH)在人体内可催化异柠檬酸盐氧化脱羧产生CO₂和α-酮戍二酸(α-ketoglutarate，α-KG)。人类IDH由 5个基因编码共有3种类型：IDH1、IDH2和IDH3，其中IDH1基因位于染色体2q33，编码蛋白存在于胞浆和过氧化物酶体中，IDH2与IDH3存在于线粒体中。90％以上的IDH1突变为IDH1R132H(精氨酸被组氨酸替代)，其他少见突变类型均发生在R132残基，包括精氨酸被半胱氨酸代替(R132C)，被丝氨酸代替(R132S)，被甘氨酸代替(R132G)，被亮氨酸代替(R132L)。因此，IDH的检测对胶质瘤的诊断具有重要意义。

近年来，微滴式数字聚合酶链反应(Droplet Digital PCR，ddPCR)由于实现了超灵敏检测和绝对定量而受到越来越多的关注。微滴式数字PCR系统在传统的PCR扩增前对样品进行微滴化处理，其中每个微滴或不含待检核酸靶分子，或者含有一个至数个待检核酸靶分子。经PCR扩增后，对每个微滴的荧光信号进行逐一分析，有荧光信号的微滴判读为1，没有荧光信号的微滴判读为0，根据泊松分布原理及阳性微滴的个数与比例即可得出靶分子的起始拷贝数或浓度。

目前，只有伯乐公司有检测IDH1基因的数字PCR探针，且伯乐公司的 IDH1基因突变检测探针有5种，故完成一个样品的检测需要5个加样孔。

鉴于此，特提出本发明。

发明内容

本发明的首要发明目的在于提出一种检测人IDH1基因突变的引物和探针。

本发明的第二发明目的在于提出一种检测人IDH1基因突变的试剂盒。

本发明的第三发明目的在于提出一种检测人IDH1基因突变的装置。

为了完成本发明的目的，采用的技术方案为：

本发明提出一种用于检测人IDH1基因突变的微滴PCR试剂盒，所述试剂盒中含有IDH1 ddPCR反应液；

所述IDH1 ddPCR反应液中含有用于检测IDH1 132号密码子突变的引物和探针：由SEQ ID NO:1所示的上游引物，由SEQ ID NO:2所示的下游引物，由SEQ ID NO:3所示的野生型探针和由SEQ ID NO:4～SEQ ID NO:8所示的突变型探针。

可选的，所述探针均带有荧光基团和淬灭基团，所述野生型探针与所述突变型探针的荧光基团不同；

优选地，所述荧光基团选自FAM、VIC、HEX、Cy5和Cy3，所述淬灭基团选自MGB、BQH1、TAMARA和BHQ2；

进一步优选的，所述野生型探针的荧光基团选自VIC，所述野生型探针的淬灭基团选自MGB，所述突变型探针的荧光基团选自FAM、所述突变型探针的淬灭基团选自MGB。

可选的，SEQ ID NO:4所示的突变型探针用于检测IDH1基因R132H型突变、SEQ IDNO:5所示的突变型探针用于检测IDH1基因R132C型突变、SEQ ID NO:6所示的突变型探针用于检测IDH1基因R132S型突变、SEQ ID NO:7所示的突变型探针用于检测IDH1基因R132G型突变、SEQ ID NO:8所示的突变型探针用于检测IDH1基因R132L型突变。