[发明专利]一种荧光标记的32-plex InDels复合扩增系统及其应用

说明书

本发明属于生物学检测技术领域，尤其涉及一种荧光标记的32‑plex InDels复合扩增系统及其应用。本发明构建的复合扩增系统包括32个InDel位点和一个性别位点，选取了在中国汉族人群中最小等位基因频率(MAF)≥0.4的InDel标记，扩增片段范围从70bp到160bp。使用上述复合扩增系统对中国汉族204个无关个体进行基因分型，累积个人识别概率为0.999999999999966，累积非父排除概率为0.9982。研究表明，本发明构建的复合扩增系统对中国汉族人群具有高度识别能力，同时能对低至31.25pg的DNA模板正确分型，并对降解DNA的扩增分型有显著优势。

技术领域

本发明属于生物学检测技术领域，尤其涉及一种荧光标记的32-plex InDels复合扩增系统及其应用，该复合扩增系统为包含32个插入缺失位点的复合扩增系统。

背景技术

在法医遗传学领域，个人识别和亲子鉴定问题主要通过DNA遗传标记的基因分型来解决。短串联重复序列(STR)已经成为最常用的遗传标记，这是由于它们的高多态性和在不同国家人群中已知的等位基因频率数据。然而，STR扩增系统的扩增片段较长，面对高度降解的DNA样品分辨力低下，并且存在突变率高的缺陷。

单核苷酸多态性(SNP)具有扩增子短、突变率低、人类基因组密度高的特点，弥补了STR的不足。然而，目前的SNP的分型技术复杂多样，限制了其在法医实验室的推广应用。插入/缺失多态性标记(InDels)是SNP标记的特殊类型，它结合了STR和SNP的优点。InDel在人类基因组中广泛分布，平均密度为每7.2kb一个InDel。InDel的扩增片段长度约在50-150bp，这意味着突变率较低，以及对小片段的DNA模板(如高度降解的DNA)有更好的分型效果。此外，与SNP相比，InDel的分析过程更为简化，更易于应用于实践。因此，InDel在司法实践中面临挑战性案件时发挥着重要作用。

自InDel被发现以来，已有许多研究报道使用InDel构建复合扩增系统。根据已发表的研究，InDels已被应用于个人识别、亲子鉴定、祖先推断以及特殊检材的基因分型，如尸检材料、人类肿瘤组织、骨骼残骸和石蜡包埋组织。目前已有Investigator试剂盒(Qiagen，德国)可以一次扩增30个InDel标记和amelogenin性别位点。多个验证研究已经证明它对世界各地的许多人口都有较强的鉴别能力。然而研究表明，与欧洲人群相比，Investigator 试剂盒对中国人群的识别力较低，而国内尚没有针对中国人开发的InDel商品化试剂盒。

发明内容

针对现有技术存在的问题，本发明提供了一种荧光标记的32-plex InDels复合扩增系统及其应用。

本发明是这样实现的，一种荧光标记的32-plex InDels复合扩增系统，包括如下32个InDel标记和amelogenin性别位点的复合扩增引物：rs6481、Amelogen、rs2307976、rs35851958、rs3837647、rs2307433、rs3841948、rs35248926、rs71305406、rs34843628、rs10590424、rs3038530、rs2307561、rs1610905、rs5789826、rs1799734、rs2308292、rs2307930、rs16458、rs140397390、rs17515041、rs2307661、rs34511541、rs35149698、rs35605984、rs1160886、rs3042783、rs1611048、rs61124555、rs25552、rs2308189、rs199726575、rs2308112；所述32个InDel位点和一个性别位点的复合扩增引物序列见SEQID NO:1-SEQ ID NO:66。