[发明专利]一种获得中国人群个体年龄的方法、系统及扩增检测体系

权利要求书

1.一种获得中国人群个体年龄的方法，其特征在于，包括以下步骤：

S1：提取所述个体的基因组DNA；

S2：对所述DNA进行亚硫酸氢盐处理；

S3：获得所述DNA中一组CpG位点的甲基化率，所述CpG位点为：

CpG位点组合一，包括cg18738190、cg17675043、cg03372207、cg17740900、chr20:11777887、cg19283806、chr1:207823715、chr2:105399291和chr6:11044640共9个CpG位点；

或CpG位点组合二，包括cg17740900、chr20:11777887、cg19283806、chr1:207823715、chr2:105399291和chr6:11044640共6个CpG位点；

或CpG位点组合三，包括chr1:207823681、chr2:105399288、chr6:11044634、chr16:67150233、chr20:46029595、cg27030854、cg11584042和cg26947034共8个CpG位点；

或CpG位点组合四，包括chr1:207823681、chr2:105399288、chr6:11044634和chr16:67150233共4个CpG位点；

或CpG位点组合五，包括chr1:207823715、chr2:105399288和chr6:11044634共3个CpG位点；

S4：利用R软件对所述CpG位点的甲基化率与所述个体的年龄进行回归分析，构建回归模型，用于推断所述个体的年龄；

所述CpG位点组合一适用于推断所述中国人群男性个体的年龄，所述回归模型为：

Age＝19.5959022-0.0241651×β_cg18738190+0.0048342×β_cg17675043+0.0006142×β_cg03372207-0.1867006×β_cg17740900+0.0578433×β_{chr20:11777887}-0.2657487×β_cg19283806-0.2802704×β_{chr1:207823715}+0.5139795×β_{chr2:105399291}+0.4560639×β_{chr6:11044640}，其中β_cg18738190、β_cg17675043、β_cg03372207、β_cg17740900、β_{chr20:11777887}、β_cg19283806、β_{chr1:207823715}、β_{chr2:105399291}和β_{chr6:11044640}分别为对应CpG位点的甲基化率；

所述CpG位点组合二适用于推断所述中国人群男性个体的年龄，所述回归模型为：

Age＝18.96746468-0.19799499×β_cg17740900+0.05181609×β_{chr20:11777887}-0.26232027×β_cg19283806-0.28160744×β_{chr1:207823715}+0.51342604×β_{chr2:105399291}+0.45890553×β_{chr6:11044640}，其中β_cg17740900、β_{chr20:11777887}、β_cg19283806、β_{chr1:207823715}、β_{chr2:105399291}和β_{chr6:11044640}分别为对应CpG位点的甲基化率；

所述CpG位点组合三适用于推断所述中国人群女性个体的年龄，所述回归模型为：

Age＝27.53535-0.41903×β_{chr1:207823681}+0.29658×β_{chr2:105399288}+0.40020×β_{chr6:11044634}+0.18995×β_{chr16:67150233}+0.26483×β_{chr20:46029595}-0.14605×β_cg27030854-0.08502×β_cg11584042+0.01115×β_cg26947034，其中β_{chr1:207823681}、β_{chr2:105399288}、β_{chr6:11044634}、β_{chr16:67150233}、β_{chr20:46029595}、β_cg27030854、β_cg11584042和β_cg26947034分别为对应CpG位点的甲基化率。

所述CpG位点组合四适用于推断所述中国人群女性个体的年龄，所述回归模型为：

Age＝11.00994-0.42728×β_{chr1:207823681}+0.42145×β_{chr2:105399288}+0.48635×β_{chr6:11044634}+0.25020×β_{chr16:67150233}，其中β_{chr1:207823681}、β_{chr2:105399288}、β_{chr6:11044634}和β_{chr16:67150233}分别为对应CpG位点的甲基化率；

所述CpG位点组合五适用于推断所述中国人群个体的年龄，不考虑性别时，所述回归模型为：

Age＝10.6946-0.44542×β_{chr1:207823715}+0.56508×β_{chr2:105399288}+0.47227×β_{chr6:11044634}，其中β_{chr1:207823715}、β_{chr2:105399288}和β_{chr6:11044634}分别为对应CpG位点的甲基化率；

所述CpG位点组合五适用于推断所述中国人群个体的年龄，考虑性别时，所述回归模型为：

Age＝7.08406-1.30655×Sex-0.40781×β_{chr1:207823715}+0.55111×β_{chr2:105399288}+0.52066×β_{chr6:11044634}，其中Sex为性别二分类变量，所述中国人群男性个体取值为1，所述中国人群女性个体取值为2，β_{chr1:207823715}、β_{chr2:105399288}和β_{chr6:11044634}分别为对应CpG位点的甲基化率；

步骤S3包括在获得经亚硫酸氢盐处理后的转化DNA模板后，使用与所述CpG位点对应的扩增引物对其进行扩增以获得扩增产物的步骤；所述CpG位点组合一的扩增引物为序列表中SEQ ID NO:1至SEQ ID NO:18的核苷酸序列，所述CpG位点组合二的扩增引物为序列表中SEQ ID NO:7至SEQ ID NO:18的核苷酸序列，所述CpG位点组合三的扩增引物为序列表中SEQ ID NO:13至SEQ ID NO:28的核苷酸序列，所述CpG位点组合四的扩增引物为序列表中SEQ ID NO:13至SEQ ID NO:20的核苷酸序列，所述CpG位点组合五的扩增引物为序列表中SEQ ID NO:13至SEQ ID NO:18的核苷酸序列；每个CpG位点所对应的扩增引物对中，正向引物或反向引物在5′端标记生物素；

步骤S3还包括在获得扩增产物后，使用与所述CpG位点对应的测序引物对扩增产物进行焦磷酸测序以获得所述CpG位点的甲基化率的步骤；所述CpG位点组合一的测序引物为序列表中SEQ ID NO:29至SEQ ID NO:37的核苷酸序列，所述CpG位点组合二的测序引物为序列表中SEQ ID NO:32至SEQ ID NO:37的核苷酸序列，所述CpG位点组合三的测序引物为序列表中SEQ ID NO:35至SEQ ID NO:42的核苷酸序列，所述CpG位点组合四的测序引物为序列表中SEQ ID NO:35至SEQ ID NO:38的核苷酸序列，所述CpG位点组合五的测序引物为序列表中SEQ ID NO:35至SEQ ID NO:37的核苷酸序列。