[发明专利]克隆自CNV片段的与猪耳形性状相关的分子标记

说明书

本发明属于猪分子标记筛选技术领域，具体涉及克隆自CNV片段的与猪耳形性状相关的分子标记。该分子标记为通过整合NCBI数据库和欧洲生物信息研究所公开的包含58个品种的469头猪的重测序数据，对比猪参考基因组序列获得基因分型数据，根据全基因组关联分析(GWAS)技术得到一种与猪耳形性状关联的拷贝数变异分子标记(CNV)，当个体拥有该片段的多拷贝(拷贝数3)时，则有利于猪拥有非直立的耳形，该片段的核苷酸序列如序列表中所示。公开了筛选与猪耳形相关分子标记的方法及其关联分析方法的应用。本发明为猪耳形的标记辅助选择提供了遗传标记资源。

技术领域

本发明属于猪分子标记筛选技术领域，具体涉及克隆自CNV片段的与猪耳形性状相关的分子标记及其应用。

背景技术

猪是家畜生产中重要的经济动物。家猪作为人类最早驯化的家养动物之一，起源于欧亚野猪(Sus scrofa)，随后欧亚野猪在欧洲和亚洲分别被独立驯化(Larson G,DobneyK,Albarella U,et al.Worldwide phylogeography of wild boar reveals multiplecenters of pig domestication[J].Science,2005,307(5715):1618-1621.)。由于这种独立驯化过程，欧洲猪种和亚洲猪种之间有着区别分明的种质特色，例如欧洲猪种拥有更高的瘦肉率和更大的体型，亚洲猪种则脂肪含量更高，并且拥有高产仔数和早熟的优点。

耳朵形状是猪重要的外表构象，是一个品种的独特商标(Wei W H,De Koning DJ,Penman J C,et al.QTL modulating ear size and erectness in pigs[J].Animalgenetics,2007,38(3):222-226.),目前为止，关于耳朵形状的相关研究较少，因此，探索发现耳形遗传机制的相关分子标记有助于更好的展开猪的育种研究。

全基因组关联分析(Genome-wide association study,GWAS)作为一种关联分析方法，在复杂性状的相关研究中具有比连锁分析效果更好，统计效力更高的优点，最初是1996年由Risch首次提出的(Risch N,Merikangas K.The future of genetic studies ofcomplex human diseases.[J].Science,1996,273(3):350-354.)作为在全基因组范围内探索鉴定实验群体中和目标表型相关联的遗传标记的有力工具，全基因组关联分析已经被广泛应用于各类研究，其中包括人类疾病以及家畜重要经济性状等等(Visscher P M,Brown M A,McCarthy M I,et al.Five years of GWAS discovery[J].The AmericanJournal of Human Genetics,2012,90(1):7-24.)

拷贝数变异(copy number variation，CNV)是一种片段长度在1kb甚至1Mb的遗传标记，对比于参考基因组上的片段，该部分可能发生不同程度的缺失或拷贝数的增加。而由于该片段拷贝数的缺失或增加，可能会引起显著的基因表达量的变化，从而影响到基因控制的对应表型(Zhang F,Gu W,Hurles M E,et al.Copy number variation in humanhealth,disease,and evolution[J].Annual review of genomics and human genetics,2009,10:451-481.)。

迄今为止，对于猪耳形性状相关的分子标记及其应用的报道较少。

发明内容

本发明的目的在于寻找与猪与耳形性状相关的分子标记，通过将猪重测序数据比对到猪参考基因组上，获得SNP分型数据与CNV数据，并使用全基因组关联分析(GWAS)筛选与猪耳形相关的CNV片段，为猪耳形的相关育种提供新的分子标记资源。