[发明专利]一种与猪体长性状相关的InDel分子标记

说明书

本发明属于猪分子标记筛选技术领域，具体涉及一种与猪体长相关的InDel分子标记。通过整合NCBI数据库和欧洲生物信息研究所中公开的包含58个品种的469头猪的重测序数据，对比猪参考基因组序列获得基因分型数据，得到一种与猪体长性状相关的分子标记，该分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示，在该序列的第51‑52位碱基处存在一个AT/A的碱基缺失。当个体拥有该InDel时，具有更小的体长。本发明公开了筛选与猪体长相关分子标记的方法及其关联分析方法的应用。为猪体长的标记辅助选择提供了一个新的InDel分子标记资源。

技术领域

本发明属于猪分子标记筛选技术领域，具体涉及一种与猪体长性状相关的InDel分子标记。本发明所述的分子标记可用于猪体长的辅助选择和预测。

背景技术

猪是家畜生产中重要的经济动物。家猪作为人类最早驯化的家养动物之一，起源于欧亚野猪(Sus scrofa)，随后欧亚野猪在欧洲和亚洲分别被独立驯化(Larson G,DobneyK,Albarella U,et al.Worldwide phylogeography of wild boar reveals multiplecenters of pig domestication[J].Science,2005,307(5715):1618-1621.)。由于这种独立驯化过程，欧洲猪种和亚洲猪种之间有着区别分明的种质特色，例如欧洲猪种拥有更高的瘦肉率和更大的体型，亚洲猪种则脂肪含量更高，并且拥有高产仔数和早熟的优点。

猪的体长是重要的经济性状，可以用于评估猪的生产性能，生长状况等，同时，猪的体长也作为重要的评估指标应用于育种的选择当中，体长属于猪的体型性状，体型性状被报道过和繁殖性状，生长性状等均有相关性(宋志芳,邢荷岩,于国升,芦春莲,曹洪战.猪体型性状的研究进展及其重要性[J].猪业科学,2017,34(07):120-122+4.)。因此，探索发现体长遗传机制的相关分子标记有助于更好的展开猪的育种研究。

InDel即Insertion/Deletion(插入/缺失)，是一种长度在1bp至10000bp的遗传标记。有研究表明相当多的InDel位于基因的编码外显子内或者启动子内，说明InDel可以影响基因的表达从而影响其功能(Mills R E,Pittard W S,Mullaney J M,et al.Naturalgenetic variation caused by small insertions and deletions in the humangenome[J].Genome research,2011,21(6):830-839.)。

全基因组关联分析(Genome-wide association study,GWAS)作为一种关联分析方法，在复杂性状的相关研究中具有比连锁分析效果更好，统计效力更高的优点，最初是1996年由Risch首次提出的(Risch N,Merikangas K.The future of genetic studies ofcomplex human diseases.[J].Science,1996,273(3):350-354.)作为在全基因组范围内探索鉴定实验群体中和目标表型相关联的遗传标记的有力工具，全基因组关联分析已经被广泛应用于各类研究，其中包括人类疾病以及家畜重要经济性状等等(Visscher P M,Brown M A,McCarthy M I,et al.Five years of GWAS discovery[J].The AmericanJournal of Human Genetics,2012,90(1):7-24.)