[发明专利]对肿瘤诊断具有显著性的标记物及其用途

说明书

本发明提供了一种具有广谱检测意义的DNA甲基化肿瘤标记物STAMP‑EP13。EP13在正常组织和肿瘤组织中表现出显著性的甲基化状态的差异，这种差异统计学意义显著，且在实体瘤以及非实体瘤等诸多肿瘤中均能表现出这种差异，所述的非实体瘤如血液肿瘤。因此，本发明的肿瘤标记物可作为临床肿瘤的诊断、筛查、分型、检测、预后的标记物，也可作为肿瘤临床辅助诊断或预后的新型分子，或可用于设计诊断试剂及试剂盒。

技术领域

本发明属于疾病诊断以及肿瘤学领域，更具体地，本发明涉及对肿瘤诊断具有显著性的标记物及其用途。

背景技术

近年来，肿瘤标志开始得到从事肿瘤基础研究和临床工作者的重视，临床上接受肿瘤标记物检查的人也是越来越多，肿瘤标记物已成为肿瘤患者的重要检查指标。肿瘤标记物(肿瘤标记物)是指特征性存在于恶性肿瘤细胞，或由恶性肿瘤细胞异常产生的物质，或是宿主对肿瘤的刺激反应而产生的物质，并能反映肿瘤发生、发展，监测肿瘤对治疗反应的一类物质。肿瘤标记物存在于肿瘤患者的组织、体液和排泄物中，能够用免疫学、生物学及化学的方法检测到。肿瘤标记物的基础应用和开发研究目前正迅速成为大家关注的热点，对于肿瘤的筛查、诊断、判断、预后、评价治疗效果和高危人群的跟踪观察等方面具有较大实用价值。

本领域中已经开发或正在开发的肿瘤标记物包括：分化紊乱的细胞基因产物如异位的ACTH片段，甲胎蛋白、癌胚抗原、胎儿同工酶；肿瘤细胞的代谢产物如糖酵解产物、组织多肽抗原、核酸分解产物；肿瘤宿主细胞的细胞反应性产物如VCA-IgA、EA-IgA；肿瘤细胞坏死崩解释放进入血液循环的物质如某些细胞骨架蛋白成分，如细胞角质素片段抗原21-1、多胺类物质等。其中的一些被成功地应用于临床辅助诊断。尽管已有一些可用的标记物，但肿瘤这一疾病是复杂多变的，准确性、灵敏度更高的标记物的开发仍然是本领域一直探索的。

DNA甲基化是指生物体内在DNA甲基转移酶的催化下，以S-腺苷甲硫氨酸(SAM)为甲基供体，将甲基转移到特定的碱基上的过程。在哺乳动物中DNA甲基化主要发生在5’-CpG-3’的C上，生成5-甲基胞嘧啶(5mC)。

目前研究DNA甲基化的方法主要有：1.甲基化敏感性内切酶法；2.重亚硫酸盐(Bisulfite)修饰法；3.特异性识别甲基化抗体分析法；4.质谱或色谱分析法等。尽管本领域目前已经能够通过一定的手段来检测DNA甲基化，但是本领域仍然缺少具有典型性的或具有普适性的、适于检测的肿瘤标记物。并且，人类基因组的复杂性，蛋白-蛋白、蛋白-基因、基因-基因的复杂的相互作用以及越来越多干扰性分子的存在，也使得合适的肿瘤标记物被湮没或表象所掩盖。

本发明人致力于DNA表观修饰与肿瘤诊断相结合领域的前沿研究，在本发明人的前期研究中，找到了一部分基于甲基化修饰的肿瘤标记物。但是，仍然有必要找到更多的新型肿瘤标记物，从而为肿瘤的诊断提供更多的途径。将来的肿瘤诊断，必然需要多种标记物的联合运用，以提高诊断的准确性。

发明内容

本发明的目的在于提供对肿瘤诊断具有显著性的标记物及其用途，该标记物是基于DNA甲基化水平的标记物，具有广谱可用性。本发明还揭示了其获得方法，其序列以及其在制备诊断试剂方面的用途，本发明也包括基于所述标记物设计的诊断试剂或试剂盒等。

本发明首先提供一种分离的人核酸或其转变而来的核酸的用途，用于制备试剂或试剂盒，所述试剂或试剂盒被用于肿瘤的筛查、诊断、检测或预后评估；其中，所述的人核酸包括：(1)包括SEQ ID NO:1所示核苷酸序列中至少1个修饰的CpG位点的核酸，如包括2～19个修饰的CpG位点的核酸；和/或(2)与(1)的核酸在序列上互补的核酸；其中，所述由人核酸转变而来的核酸为对应于(1)或(2)的核酸，其非修饰的胞嘧啶转变为T或U，而其修饰的CpG位点的胞嘧啶C不变。

在另一优选例中，所述的SEQ ID NO:1来源于人chr18:22929097-22929359。