[发明专利]染色体长片段插入的检测方法及基于MassARRAY平台的长片段插入检测方法有效
申请号: | 201910723592.2 | 申请日: | 2019-08-06 |
公开(公告)号: | CN110305947B | 公开(公告)日: | 2020-04-17 |
发明(设计)人: | 陈珊珊;肖念清;李杜衡;李小方;赵妍;李翔;任用 | 申请(专利权)人: | 江苏先声医疗器械有限公司;南京先声医学检验有限公司;江苏先声医学诊断有限公司 |
主分类号: | C12Q1/6872 | 分类号: | C12Q1/6872;C12Q1/6883 |
代理公司: | 北京超凡宏宇专利代理事务所(特殊普通合伙) 11463 | 代理人: | 李双艳 |
地址: | 210000 江苏省南京*** | 国省代码: | 江苏;32 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 染色 体长 片段 插入 检测 方法 基于 massarray 平台 | ||
1.一种染色体长片段插入的检测方法,其特征在于,应用MassARRAY分别对第一检测单元的待测样品和第二检测单元的待测样品进行鉴别,判断待测样品是否有染色体长片段插入,所述检测方法包括:
通过第一检测单元同时鉴别待测样品是否为野生型和/或突变型,通过第二检测单元鉴别待测样品是否为突变型,对第一检测单元的鉴别结果和第二检测单元的鉴别结果进行判读,判断待测样品是否有染色体长片段插入:
当第一检测单元仅野生峰出峰且第二检测单元不出峰时,所述待测样品为纯合野生型;
当第一检测单元仅突变峰出峰且第二检测单元出峰时,所述待测样品为纯合突变型;
当第一检测单元野生峰和突变峰同时出峰且第二检测单元出峰,并且第二检测单元峰信噪比:第一检测单元野生峰信噪比为0.5-2时,所述待测样品为杂合型;
其中,
所述第一检测单元包括野生型鉴别引物和突变型鉴别引物;
所述野生型鉴别引物包括野生型正向引物和野生型反向引物,所述突变型鉴别引物包括突变型正向引物和突变型反向引物;
所述野生型正向引物和所述突变型正向引物序列相同;
所述第二检测单元包括突变型鉴别引物;
所述突变型鉴别引物包括突变型正向引物和突变型反向引物;
所述染色体长片段的片段长度大于150bp。
2.根据权利要求1所述的检测方法,其特征在于,所述染色体长片段的片段长度大于300bp。
3.根据权利要求1或2所述的检测方法,其特征在于,在应用MassARRAY对第一检测单元的待测样品和所述第二检测单元的待测样品进行鉴别前,进行如下步骤中的至少一种:
(a)对所述第一检测单元的待测样品的基因组进行PCR扩增和单碱基延伸反应,或,
(b)对所述第二检测单元的待测样品的基因组进行PCR扩增和单碱基延伸反应。
4.根据权利要求3所述的检测方法,其特征在于,所述第一检测单元和第二检测单元的突变型鉴别引物相同,单碱基延伸引物也相同。
5.根据权利要求4所述的检测方法,其特征在于,所述PCR扩增的退火温度为55-60℃;
步骤(a)或步骤(b)还独立地包括在单碱基延伸反应前对PCR产物进行去磷酸化的步骤;
步骤(a)或步骤(b)还独立地包括在单碱基延伸反应后对反应产物进行纯化的步骤,然后再应用MassARRAY检测所述反应产物。
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