[发明专利]一种鉴定CC染色体组野生稻的PCR引物及鉴定方法

说明书

本发明属于生物技术领域，具体涉及一种鉴定CC染色体组野生稻的鉴定引物和CC染色体组野生稻的鉴定方法。本发明所述鉴定引物的序列如SEQ ID No.5和SEQ ID No.6所示。所述鉴定方法是：采集待鉴定水稻根尖和叶片，提取叶片总DNA；以根尖鉴定染色体数；以鉴定染色体数目为24条的待鉴定水稻的样品叶片总DNA为模板，利用序列如SEQ ID No.5和SEQ ID No.6的引物组合对待测样品进行PCR扩增；PCR反应结束后对PCR产物进行琼脂糖凝胶电泳，结果在317bp处出现特异性扩增条带的样品即为CC染色体组野生稻的阳性判定结果。本发明的方法结果稳定、操作简单、高效而且成本低。

技术领域

本发明属于生物技术领域，具体涉及一种鉴定CC染色体组野生稻的鉴定引物和CC染色体组野生稻的鉴定方法。

背景技术

聚合酶链式反应(polymerase chain reaction，简称PCR)技术是由Mullis K等(1987)首先建立的体外扩增目的基因的技术(K.Mullis,F.Faloona.Specific Synthesisof DNA in Vitro via a Polymerase-Catalyzed Chain Reaction.Methods inEnzymology,1987,155,335–350)，该项技术可以在几个小时内将特定的DNA片段扩增数百万倍，这种迅速获取大量单一核苷酸片段的技术在现代分子生物学研究中已经发挥了重要作用，因其可以在短时间内大量获得目标DNA片段，具备便捷和快速的特点。

稻属包含有栽培稻及20多个野生稻种，已发现有10个染色体组型(AA、BB、BBCC、CC、CCDD、EE、FF、GG、HHJJ、HHKK)，其中，具有24条染色体的二倍体野生稻有AA、BB、CC、EE、FF、GG 6种染色体组成类型。着丝粒是真核细胞染色体上特定的结构和功能性区域，它对细胞有丝分裂和减数分裂过程中同源染色体/姊妹染色体的正确分配起着十分重要的作用。CC染色体组的野生稻包括药用野生稻(Oryza officinalis)、根茎野生稻(O.rhizomatis)和紧穗野生稻(O.eichingeri)三类。已有研究表明CC染色体组的药用野生稻和FF染色体组的短药野生稻(O.brachyantha)具有各自着丝粒特异的卫星DNA序列；AA、BB和EE染色体组的野生稻和栽培稻，如非洲栽培稻(O.Glaberrima,AA染色体组)、斑点野生稻(O.punctata,BB染色体组)和澳洲野生稻(O.australiensis,EE染色体组)着丝粒区域都含有与亚洲栽培稻(O.sativa,AA染色体组)着丝粒重复序列CentO和CRR同源的序列；CC染色体组的药用野生稻的2条体染色体着丝粒具有CentO的同源序列，同时也发现其所有着丝粒区域都包含栽培稻CRR的同源序列(Bao W,Zhang W,Yang Q,Yu Zhang，Bin Han，MH Gu,YB Xue，ZKCheng，Diversity of centromeric repeats in two closely related wild ricespecies,Oryza officinalis,and Oryza rhizomatis.Molecular Genetics&Genomics,2006,275(5):421-30；HyeRan Lee,Wenli Zhang,Tim Langdon,Weiwei Jin,HuihuangYan,Zhukuan Cheng,and Jiming Jiang.Chromatin immunoprecipitation cloningreveals rapid evolutionary patterns of centromeric DNA in Oryzaspecies.Proceedings of the National Academy of Sciences of the United Statesof America,2005,102(33):11793-11798；裔传灯,龚志云,梁国华,王飞华,汤述翥,顾铭洪，稻属不同染色体组着丝粒BAC克隆的分离和鉴定，遗传，2007,29(7):851-858)。Bao Wet al.(2006)筛选获得包含有药用野生稻着丝粒BAC克隆，包含有药用野生稻着丝粒的重复序列。这些结果对克隆稻属不同染色体组的着丝粒序列、研究不同染色体组间着丝粒的进化关系和稻属不同着丝粒DNA序列与功能之间的关系均具有重要意义。同时，也为我们利用着丝粒特异序列识别不同染色体组的染色体提供了可能。但并没有一种识别CC染色体组三类不同野生稻染色体的报道。