[发明专利]一种高分辨率熔解曲线鉴定光滑念珠菌的方法在审
申请号: | 201910727456.0 | 申请日: | 2019-08-07 |
公开(公告)号: | CN110484641A | 公开(公告)日: | 2019-11-22 |
发明(设计)人: | 肖盟;龚杰;侯欣;赵飞;张建中;徐英春 | 申请(专利权)人: | 中国医学科学院北京协和医院 |
主分类号: | C12Q1/6895 | 分类号: | C12Q1/6895;C12Q1/686;C12Q1/04;C12R1/72 |
代理公司: | 11367 北京驰纳智财知识产权代理事务所(普通合伙) | 代理人: | 李佳佳<国际申请>=<国际公布>=<进入 |
地址: | 100730 *** | 国省代码: | 北京;11 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 菌株 光滑念珠菌 高分辨率 溶解 熔解曲线 高分辨 念珠菌 核苷酸序列 分析鉴定 分析软件 实时检测 阳性菌株 荧光信号 复合体 灵敏度 熔解 引物 物种 验证 | ||
1.一种高分辨率熔解曲线鉴定光滑念珠菌的方法,包括如下步骤:
步骤一、准备待鉴定菌株包括光滑念珠菌、尼瓦利亚念珠菌、布加拉念珠菌和对照菌株的DNA模板;
步骤二、设计上下游引物;
步骤三、利用高分辨率溶解曲线技术HRM,获取各菌株高分辨溶解曲线图,具体为利用Real-time PCR技术,通过实时检测DNA熔解过程中荧光信号值的变化获取各菌株高分辨溶解曲线图;
步骤四、利用分析软件分析鉴定待鉴定菌株的具体类型;
步骤五、测定步骤三中结果为阳性菌株的核苷酸序列;
步骤六、验证鉴定方法的灵敏度。
2.如权利要求1所述的高分辨率熔解曲线鉴定光滑念珠菌的方法,其特征在于,步骤一中对照菌株为Candida albicans-白念珠菌,Candida tropicalis-热带念珠菌,Candidaparapsilosis-近平滑念珠菌,Candida metapsilosis-似平滑念珠菌,Candidaorthopsilosis-拟平滑念珠菌,Candida krusei-克柔念珠菌,Candida haemulonii-希木龙念珠菌,Candida duobushaemulonii-伪希木龙念珠菌,Candida haemuloniivar.vulnera-希木龙念珠菌vulnera变种,Candida pseudohaemulonii-假希木龙念珠菌,Candida auris-耳念珠菌,Trichosporon asahii-阿萨希毛孢子菌,Aspergillussydowii-聚多曲霉,Aspergillus flavus-黄曲霉,Alternaria alternate-链格孢菌,Cladosporium sphaerospermum-球孢枝孢,Curvularia lunata-月状弯孢菌,Fusariumsolani-茄病镰刀菌,Hortaea werneckii-威尼克外瓶霉,Kodamaea ohmeri-奥默柯达菌,Talaromyces funiculosus-绳状篮状菌,Trichophyton rubrum-红色毛癣菌中的全部菌种。
3.如权利要求2所述的高分辨率熔解曲线鉴定光滑念珠菌的方法,其特征在于,步骤二中
上游引物为5'-TCAACAATGGATCTCTTGGT-3',
下游引物为5'-CCAACAATTTCAAGCTAACT-3'。
4.如权利要求3所述的高分辨率熔解曲线鉴定光滑念珠菌的方法,其特征在于,步骤二中上下游引物使用Primer3引物设计软件进行设计,产物长度为210bp。
5.如权利要求4所述的高分辨率熔解曲线鉴定光滑念珠菌的方法,其特征在于,步骤三中Real-time PCR反应体系包括2×Taqman qPCR Mix(Takara)15μL、上,下游引物各0.9μL、Rox Reference Dye Ⅱ(100×)0.3μL、Evagreen,20×in Water 1.5μL、DNA模板2μL,用灭菌纯水补足体系至30μL。
6.如权利要求5所述的高分辨率熔解曲线鉴定光滑念珠菌的方法,其特征在于,步骤三中Real-time PCR反应条件为预变性:95℃10min;95℃15s,58℃30s,35个循环,升降温速度1.6℃/s。
7.如权利要求6所述的高分辨率熔解曲线鉴定光滑念珠菌的方法,其特征在于,步骤三中高分辨溶解曲线技术HRM程序为:95℃10s,60℃1min,(0.025℃/s升温至)95℃15s,60℃15s,以1.6℃/s速率升降温,连续检测荧光强度。
8.如权利要求7所述的高分辨率熔解曲线鉴定光滑念珠菌的方法,其特征在于,步骤四中利用high-resolution melting analysis软件进行结果分析。
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