[发明专利]猪SPATA6基因第十内含子内与猪精液品质性状相关的单倍型标记与应用

权利要求书

1.一种猪SPATA6基因第十内含子内与猪精液品质性状相关的单倍型标记，其特征在于，所述的单倍型标记位于猪SPATA6基因第十内含子的部分DNA序列中，所述单倍型标记的核苷酸序列如序列表SEQ ID NO.1所示，该序列长度为202bp；所述单倍型标记包括：rs330516022位点的SNP：在所述序列的第34bp处存在一个C/T的等位基因突变；以及rs342323574位点的SNP：在第120bp处存在一个G/A的等位基因突变。

2.如权利要求1所述的单倍型标记，其特征在于，所述序列的第34bp处的C或T的碱基多态性位点，表现为CC、CT或TT三种基因型，其中C是优势等位基因。

3.如权利要求1所述的单倍型标记，其特征在于，所述序列的第120bp处的G或A的碱基多态性位点，表现为GG、GA或AA三种基因型，其中G是优势等位基因。

4.权利要求1-3任一所述的单倍型标记在制备猪精液品质性状标记辅助选择试剂中的应用；

所述猪的品种为杜洛克猪或大白猪。

5.一种猪SPATA6基因精液品质性状相关SNP的检测试剂盒，其特征在于，包括：

用于扩增SEQ ID NO.1所示序列的引物对：上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示，下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示；

以及2个SNaPshot单碱基延伸引物：用于检测rs330516022位点的延伸引物如SEQ IDNO. 4所示，和用于检测rs342323574位点的延伸引物如SEQ ID NO. 5所示；

所述猪的品种为杜洛克猪或大白猪。

6.一种使用权利要求5所述检测试剂盒检测猪SPATA6基因精液品质性状相关SNP的方法，其特征在于，包括以下步骤：

步骤1、以从待测样本中提取的基因组DNA为模板，通过选自所述SEQ ID NO. 2～3所示PCR引物对构建多重PCR扩增体系进行PCR扩增，并对PCR产物进行纯化处理；

步骤2、以所述纯化的PCR产物为模版，通过选自所述SEQ ID NO. 4～5所示SNaPshot单碱基延伸引物构建SNaPshot反应体系进行单碱基延伸反应，并对反应制备的单碱基延伸产物进行纯化处理；

步骤3、使用遗传学分析仪检测所述纯化后的单碱基延伸产物，并使用基因分析软件对结果进行分析；

所述猪的品种为杜洛克猪或大白猪；

所述检测猪SPATA6基因精液品质性状相关SNP的方法不用于疾病的诊断和治疗。