[发明专利]DNA二代测序文库及其构建方法、构建试剂盒

说明书

本发明公开了一种DNA二代测序文库及其构建方法、构建试剂盒。其中，该构建方法包括以下步骤：将DNA样本通过酶切的方法获得片段化的原始模版DNA，然后无需纯化酶切反应液，直接将酶切产物进行基于单链接头连接的方法构建DNA二代测序文库。应用本发明的技术方案，基于酶切进行片段化并联用单链建库的方法来构建FFPE样本NGS测序文库，简单阐述为：使用酶切的方法对FFPE DNA进行片段化，之后无需对反应产物进行纯化，直接利用单链建库方法构建测序文库，该方法能够对低起始量、样本降解严重的FFPE样本进行建库，提高建库成功率以及原始模版检出数量。

技术领域

本发明涉及生物技术领域，具体而言，涉及一种DNA二代测序文库及其构建方法、构建试剂盒。

背景技术

FFPE(formalin-fixed paraffin embedded，福尔马林固定和石蜡包埋)样本存在样本量低，样本中DNA降解严重等特点，这些特点使得FFPE样本极易建库失败。在常规的双链建库中，损伤的DNA在接头连接后进行PCR扩增的过程中会丢失，从而使得大量模版丢失。而单链建库首先将双链DNA进行变性形成单链，在这个过程中损伤DNA也可以形成片段化的单链DNA，然后进行单链接头的连接，进而最大程度的减少原始模版的损失。

目前的文库构建，由于测序仪器的读长限制，需要文库的插入片段长度有一定的限制，这就要求对原始模版进行片段化。目前片段化的方法主要有两种：一种是利用超声打断的方式获得片段化的DNA，一种是利用酶切的方法对DNA进行切割。这两种方法都是对DNA进行处理，处理后都需要进行纯化。而任何纯化/操作都将损失部分原始DNA。

KAPA公司有一款基于酶切的方法进行文库构建的试剂盒，该试剂盒可以对DNA进行酶切，并无需对酶切产物进行纯化，之后直接进行双链建库。该方法在一定程度上减少原始模版片段化的损失，但是无法避免损伤的DNA分子在建库中的丢失。

目前常用的测序文库构建方法均是双链建库。另外基于插入片段的打断方法，原始模版在片段化后都需要进行纯化以获得所需的目的片段大小的DNA，这一过程会损失一定量的DNA，对于FFPE样本，DNA模版损失越多，建库失败概率越大。

发明内容

本发明旨在提供一种DNA二代测序文库及其构建方法、构建试剂盒，以解决现有技术中降解严重FFPE样本建库极易因DNA数量低而失败的技术问题。

为了实现上述目的，根据本发明的一个方面，提供了一种DNA二代测序文库的构建方法。该构建方法包括以下步骤：将DNA样本通过酶切的方法获得片段化的原始模版DNA，然后无需纯化酶切反应液，直接将酶切产物进行基于单链接头连接的方法构建DNA二代测序文库。

进一步地，DNA样本为FFPE样本提取的DNA。

进一步地，基于单链接头连接的方法构建DNA二代测序文库为swift单链建库方法。

进一步地，swift单链建库方法包括模版变性、单链接头连接、延伸及产物纯化、二链接头连接及产物纯化和index PCR扩增及产物纯化。

根据本发明的另一方面，提供了一种DNA二代测序文库。该DNA二代测序文库通过上述任一种DNA二代测序文库的构建方法构建得到。

根据本发明的再一方面，提供了一种DNA二代测序文库的构建试剂盒。该构建试剂盒包括酶切相关的试剂和基于单链接头连接的方法构建DNA二代测序文库的试剂。

应用本发明的技术方案，基于酶切进行片段化并联用单链建库的方法来构建FFPE样本NGS测序文库，简单阐述为：使用酶切的方法对FFPE DNA进行片段化，之后无需对反应产物进行纯化，直接利用单链建库方法构建测序文库，该方法能够对低起始量、样本降解严重的FFPE样本进行建库，提高建库成功率以及原始模版检出数量。

附图说明