[发明专利]一种癌症化疗用药SNP位点组合以及检测引物

说明书

本发明提供一种癌症化疗检测位点的组合、检测所述位点的引物设计方法、引物组合和检测方法及试剂盒，针对SNP位点设计特异性引物，并在所述特异性引物上游引物的5’端添加SEQ ID.NO1，在所述特异性引物下游引物5’端添加SEQ ID.NO2。本申请具有如下优点：成本低，通量高，检测范围广，检测时间短；采用多种PCR策略组合的方式，增加检测范围；检测灵活性高，可根据不同的要求设置不同的引物组。

技术领域

本发明涉及生物技术领域，具体涉及一种化疗用药SNP位点组合/检测引物设计方法/引物组/试剂盒及其应用。

背景技术

化疗是指使用化学药物抑制细胞生长繁殖、杀死肿瘤细胞或者促进肿瘤细胞分化的一种治疗方法，该方法被广泛应用于癌症治疗，但是越来越多的临床实验表明，化疗药物使用后的治疗效果因人而异。

SNP(single nucleotide polymorphism，单核苷酸多态性、或单碱基多型性)是属于第三代遗传标记，广泛地分布于染色体上。SNP主要是指由基因组核苷酸水平上的变异引起的DNA序列多态性，而其中最少一种等位基因在群体中的频率不小于1％。包括单碱基的转换、颠换以及单碱基的插入和缺失等。目前发现，某些SNP位点的基因型与特定化疗药物的治疗效果有明显的相关性，如果在确定治疗方案前对这些SNP位点进行检测，就能协助诊疗方案确定，减少无效治疗的时间，提高患者生存周期。

目前有很多实验室采用多重PCR技术来检测化疗引物用药相关SNP位点，二代测序技术由于其具有通量高的特性，且随着测序时间的逐步缩短，使用二代测序进行化疗SNP位点检测价格低廉周期较短的普遍筛查可行性增强。

发明内容

本发明提供一种癌症化疗检测位点的组合、检测所述位点的引物设计方法、引物组合和检测方法及试剂盒。本发明主要是使用多重PCR技术对目的区域进行富集后进行二代测序，通过生物信息学手段对化疗SNP位点进行分型，最后对化疗药物治疗是否敏感进行预测。

本申请提供了一种SNP位点组合，包括如下位点：rs1801133、rs2072671、rs60369023、rs1934951、rs1113129、rs183484、rs9937、rs1042858、rs2306283、rs11045879、rs116855232、rs4646、rs8060157、rs2232228、rs1042522、rs183205964、rs151264360、rs25487、rs1799782、rs13181、rs1052555、rs1056836、rs1872328、rs10497203、rs7582141、rs6432512、rs7270101、rs1056892、rs3892097、rs738409、rs2228001、rs1801019、rs924607、rs1801394、rs442767、rs1142345、rs1800460、rs2234693、rs9340799、rs4880、rs121434568、rs7779029、rs1045642、rs7853758、rs885004。

本发明第二个方面是提供一种用于多重PCR检测上述SNP位点组合的引物，包括：针对所述SNP位点设计的特异性引物，并在所述特异性引物上游引物的5’端添加SEQID.NO1，在所述特异性引物下游引物5’端添加SEQ ID.NO2。

在一种优选实施例中，所述用于多重PCR检测上述SNP位点组合的引物还包括第二轮PCR扩增引物。

在一种优选实施例中，所述特异性引物选自SEQ ID NO.3-SEQ ID NO.88中的至少一对或更多对。

在一种优选实施例中，所述第二轮PCR扩增引物为SEQ ID NO.89、SEQ ID NO.90。