[发明专利]一种位于猪1号染色体上与猪日增重相关的SNP分子标记及应用在审
申请号: | 201910785404.9 | 申请日: | 2019-08-23 |
公开(公告)号: | CN110541038A | 公开(公告)日: | 2019-12-06 |
发明(设计)人: | 吴珍芳;杨杰;徐此能;庄站伟;郑恩琴;蔡更元;徐铮 | 申请(专利权)人: | 华南农业大学 |
主分类号: | C12Q1/6888 | 分类号: | C12Q1/6888;C12N15/11 |
代理公司: | 44329 广东广信君达律师事务所 | 代理人: | 杨晓松<国际申请>=<国际公布>=<进入 |
地址: | 510642 广*** | 国省代码: | 广东;44 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 日增重 染色体 优势等位基因 分子标记技术 分子生物技术 猪遗传改良 参考序列 种猪育种 猪基因组 优选 突变 应用 | ||
本发明涉及分子生物技术和分子标记技术领域,具体涉及一种位于猪1号染色体上与猪日增重相关的SNP分子标记及应用。所述的位于猪1号染色体上与猪日增重相关的SNP分子标记的SNP位点对应于国际猪基因组11.1版本参考序列1号染色体上第162192627位T>C突变。本发明通过优选该SNP的优势等位基因,能够逐代增加优势等位基因频率,提高猪的日增重,加快猪遗传改良进展从而有效提高种猪育种的经济效益。
技术领域
本发明涉及分子生物技术和分子标记技术领域,具体涉及一种位于猪1号染色体上与猪日增重相关的SNP分子标记及应用。
背景技术
“杜长大”三元杂猪是世界范围内最流行的商品猪杂交品系,杜洛克猪由于具有生长速度快、瘦肉率高、及饲料转化率高的特点,因此在育种生产中常作为终端父本使用。平均日增重(Average Daily Gain,ADG)是指猪在30~100公斤体重内平均每日增加的重量,是用来衡量饲料利用效率的指标之一。另外,在猪的饲养过程中,饲料成本约占养猪总成本的70%。因此提高杜洛克种猪的平均日增重是养殖企业重要的育种目标。平均日增重属于中等遗传力性状,遗传力约为0.3,因此,利用遗传手段对核心群美系杜洛克种猪平均日增重性状进行改良是可行的。
日增重是受多个基因控制的数量性状,基因组上存在大量影响日增重的数量性状基因座(quantitative trait loci,QTL)。人们过去利用候选基因法和QTL定位法鉴定到部分与猪日增重相关的候选基因和QTL。但是候选基因法在基因的选择上具有一定的随机性,无法确认所鉴定出的基因是否为主效基因。而QTL定位法所鉴定的候选基因区域跨度较大,通常包含上百个基因,这极大地限制了复杂性状分子标记在家畜遗传育种中的应用。
相较于候选基因法和QTL定位法,全基因组关联分析(genome-wide associationstudy,GWAS)可以更准确的定位和识别新基因。GWAS是基于SNP间的连锁不平衡,通过统计分析策略来鉴别影响表型和基因型之间关系的分析方法,在鉴别影响种猪重要经济性状的分子标记方面发挥了重要作用。目前,使用连锁分析法和GWAS的方法已在猪基因组上鉴别到超过560个与日增重性状相关的QTL和大量单核苷酸多态位点(single nucleotidepolymorphisms,SNP),将其中具有显著效应的SNP加入到分子标记辅助选择(markerassisted selection,MAS)中则能显著提高平均日增重的遗传改良进展,进而提高后代商品猪的平均日增重,提高经济效益,增强商品猪生产的竞争力。
发明内容
为了克服现有技术的不足和缺点,本发明的首要目的在于提供一种位于猪1号染色体上与猪日增重相关的SNP分子标记,该分子标记可应用于种猪提高日增重的遗传改良中,可提高后代猪的日增重,提高企业利润,增加核心竞争力。
本发明的另一目的在于提供上述位于猪1号染色体上与猪日增重相关的SNP分子标记的应用。
本发明的再一目的在于提供一种鉴定上述位于猪1号染色体上与猪日增重相关的SNP分子标记的引物对。
本发明的第四个目的在于提供上述引物对的应用。
本发明的第五个目的在于提供一种猪的遗传改良方法。
本发明的目的通过下述技术方案实现:
一种位于猪1号染色体上与猪日增重相关的SNP分子标记,其SNP位点对应于国际猪基因组11.1版本参考序列1号染色体上第162192627位T>C突变;
所述的位于猪1号染色体上与猪日增重相关的SNP分子标记的核苷酸序列优选如SEQ ID NO:1所示,其中序列中的M是T或C,导致猪日增重的不同;
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